洛娜因為在獄中過于特立獨行，且老是動壞腦筋想逃跑，不斷被哨兵特勤處轉移監房。這次的監房轉移讓她遇到了一位老熟人——害她被抓的里德。里德想跟洛娜好好談一談，因為這時的他已經不像以前那樣討厭變種人，但洛娜完全不買他的帳，反而聽見他說連累了馬可斯后，對他更加厭惡了。
另一邊廂，變種人地下組織正激烈地討論該不該冒險救洛娜。有部分變種人認為這個行動太危險了，很可能不僅救不出洛娜，還把自己的命也搭進去。馬可斯受不了自私的大家，于是把話攤開來說，告訴在座的人都欠洛娜一份人情，大家都或多或少接受過洛娜的幫助。約翰和他的女朋友索尼婭自然義不容辭地幫忙，而凱特琳知道里德和洛娜現在同坐一條船，于是也同意這次的營救計劃。
大部分變種人達成共識后，便開始商量營救的方式。雖然他們可以借助克拉麗絲空間瞬移的能力，但現在特勤局盯得十分嚴，要找到囚車把洛娜和里德移走，就必須知道他們的行進路線。為了得知準確的消息，馬可斯不得不找回以前的損友——一個洗黑錢兼販毒集團。馬可斯回到一個骯臟混亂的夜場，想向老熟人求助。此時犯罪集團原來的老大已經退位，目前的負責人士馬可斯的前女友卡門，以前老大的女兒。原本卡門對馬可斯當年拋棄自己還有點懷恨在心，但想到馬可斯的能力，便答應了這個交易。
獲知囚車的出現地點后，大伙兒還面臨一個難題，就是要如何把囚車停下來，好讓他們得手。勞拉知道后，立即告訴弟弟安迪，讓他施展能力擔起這個重任。
里德在獄中，向洛娜坦白了一切，并為之前自己的所作所為作出慚愧。雖然里德之前犯下的過錯無法挽回，但洛娜也明白里德之前也只是職責所在，于是默默地接受了與他結盟的事。
與此同時，克拉麗絲腦海里不斷浮現和約翰之間的回憶，她不知道這其實都是索尼婭的回憶，只是為了讓她因為在意約翰而更好地施展能力。
變種人組織里應外合，成功地劫了囚車，把洛娜和里德救回變種人基地。然而特勤局并不是省油的燈，他們有先進的器材，還有一個替他們效命、叛變的變種人“脈沖”。
里德到了變種人基地后，受到了大家的熱烈“歡迎”。聯絡處的酒保一看見他便給了一拳，為之前里德在身上放追蹤器，引來特勤局追蹤的事報了仇。大伙兒現在毫不信任里德，里德也表示理解，這個心結必須由他自己去解開才行。
因為里德之前的行為，讓他在基地的去留問題產生了爭議。如果大部分人都不同意他留下的話，就要由索尼婭用超能力去改變里德的記憶，讓他忘記變種人基地的事。克拉麗絲此時和索尼婭在一起工作，她聽見索尼婭的能力后，便想通了一件事。之前索尼婭為了讓克拉麗絲奮不顧身地救約翰，在她腦海中植入了自己的記憶，讓克拉麗絲以為自己和約翰是戀人。但克拉麗絲腦海深處卻隱隱覺得不妥，在得知索尼婭的能力后，她認為自己的記憶可能被做了手腳。
變種人組織通過監聽特勤局的通訊設備，得知他們正在部署搜尋變種人基地，立即變得警覺起來。洛娜和馬可斯此時正在外開著車替組織探風，一路上有說有笑，談著屬于兩人的孩子，還有未來。前方不遠處出現的特納和一批特勤局特工打斷了這場愉快的談話，原本馬克斯想繞路逃走，但洛娜卻不依，她用超能力控制車子，正面駛向特納面前，把其他特工都控制住后，便抓走了特納。
變種人組織現在又多了一條罪名——綁架特勤局探員。
洛娜有此妄舉，一來是為之前的事復仇，二來是想通過他去查探“脈沖”叛變的真相。如果特勤局做了什么手腳讓變種人產生內訌，那后果將不堪設想。特納被洛娜控制著，不得不面對洛娜的審問。在此期間，特納把自己討厭變種人的原因說了出來。原來在四年前的變種人大戰中，他七歲的女兒格蕾絲在毀滅性的意外中無辜喪生，自此之后他便視所有變種人為仇敵。馬可斯不禁同情特納，但洛娜卻道出了真相——在那次戰爭中，變種人的傷亡更為之慘重，他們其實不相伯仲。
哈利在營救洛娜的行動中受了槍傷，凱特琳利用自己的護理知識，在加上兒女的配合，幫哈利做了手術，把他從鬼門關救了回來，獲得了變種人們的信任。而里德為了補償之前對變種人們犯下的過錯，主動提出自己成為誘餌，走到街上把特勤局的人引到錯誤的方向。
行動尚算成功，里德把特勤局的人引到錯誤的地點后，其他同伴便把特納帶到那里，外加索尼婭的能力把特納的記憶改動了，這樣便成功地把基地的位置隱藏起來。克拉麗絲對索尼婭的能力耿耿于懷，在行動后終于忍不住問她，到底自己和約翰的感情是不是真的。紙包不住火，索尼婭知道再瞞下去對大家都不好，只好把自己的苦衷告訴克拉麗絲。克拉麗絲知道后十分生氣，認為索尼婭無視自己的感受，只會利用自己。
特納的記憶被改回了四年前，格蕾絲還在的日子。但他回到家后，想找自己的女兒，卻被妻子告知了女兒已死的真相。聽見真相后的特納，對變種人的恨比以往更深了。
約翰想著四年前的往事，獨自陷入了沉思。曾經事美國軍人的他，冒著生命危險，為國前往伊拉克駐兵，然而回國后，不僅沒有得到應有的重視，還因為他那變種人的身份，而遭到路人的謾罵。就在他向同伴訴苦時，突然間發生了一場爆炸，是變種人大戰就此展開。變故之后，變種人從此淪為被追捕的對象，約翰連僅有的尊嚴——自由都失去了。
克拉麗絲知道索尼婭改了自己的記憶后，心里一直耿耿于懷，她質問約翰到底心里是怎么想的，約翰回答得十分模棱兩可。克拉麗絲本來心里對約翰就有好感，她問約翰，之前救自己的時候，是利用她的能力，把她當作萬能開鎖器，還是真心有為她著想。約翰的回答再一次讓克拉麗絲傷透了心，約翰對克拉麗絲充滿愧疚，卻沒有一絲情意。克拉麗絲一怒之下，離開了變種人地下基地。
脈沖的叛變讓變種人組織十分在意，特勤局有能力讓他們產生內訌，這當中一定有什么秘密。里德在脈沖的手臂上紋了一個圖案，他認出了這個圖案在巴頓魯日的聯邦大樓中看見過。為了查明真相，他決定聯手和馬可斯一起去一趟巴頓魯日，找出特勤局讓變種人內訌的秘密。里德的兒子安德魯表示想跟著一起去，他的能力可以助馬可斯和爸爸一臂之力。三人結伴，坐上了一輛偽裝成運輸農產品的卡車，向巴頓魯日出發。
路上雖然遇到特勤局的臨時檢查，但三人合力，最后還是順利到達了聯邦大樓。他們成功潛入變種人對策負責人的辦公室，把變種人的檔案資料都拿到了手。然而，事情并未就此結束，特納鍥而不舍地追蹤他們，根據蛛絲馬跡，追到了巴頓魯日。三人帶著資料連忙逃跑，但在路上，特勤局火力全開，三人陷入了險境。
就在千鈞一發之際，勞拉突然施展了控制空氣的超能力，幫馬可斯三人的卡車擋走了全部攻擊。里德和兒子安然無恙地回到了凱特琳身邊，馬可斯也回到了洛娜身邊，美美地睡了一覺。
然而，真正的戰爭現在才開始。特勤局讓變種人叛變的真相尚未查清，克拉麗絲離開變種人組織后，去向不明。馬可斯在結束了一連串的逃忙和戰斗后，想著能平靜一番，卻接到了前女友、販毒集團首領卡門的電話。卡門要求馬可斯要還之前欠她的人情，她幫馬可斯救了磁鐵女，馬可斯現在要替她辦事，不然的話，卡門便把變種人組織的信息告訴特勤局。