馬可斯之前為了救洛娜，不得不求助自己的前女友兼前雇主、現任毒販頭領卡門。過了一段時間安靜的日子后，卡門一個電話，打破了馬可斯和洛娜沉靜而又幸福的夜晚。
是時候還卡門一個人情了，縱使馬可斯前白般不愿意，還是只能遵守諾言，幫卡門在警察追查的路上制造事故。
勞拉來到地下變種人組織后，和一位叫韋斯的超能力者產生了感情。然而，里德卻從之前在巴頓魯日偷回來的變種人間諜資料中，發現有一個變種人的描述，跟韋斯非常相似，而且韋斯有不少犯罪前科。作為一名前執法人員，里德擔心自己的女兒被欺騙了，非常焦急地想讓女兒看清楚韋斯的真面目。然而自己并未確定韋斯是否就是檔案中那名超能力者，勞拉再次對父親的自以為是感到反感。
司法部來了一名官員，找到特勤局特工特納，就利用變種人實驗一事質問特勤局。然而，特納被司法部質問時，才意識到，原來特勤局被坎貝爾教授利用了?？藏悹柦淌谝恢痹谟米兎N人做實驗，然后把他們訓練成間諜，混進變種人組織中，從內部瓦解變種人組織。這種做法并未獲得政府認可，但特納腦子一轉，這其實也是一種瓦解變種人組織的好方法。
坎貝爾教授似乎聊到特納的意圖，于是向他拋出了橄欖枝。
馬可斯不想讓洛娜多想，于是謊稱自己去瑪麗埃塔的聯合變種人組織地拿補給品。但洛娜給新人做訓練后，還未見馬可斯回來，于是打電話到瑪麗埃塔，卻發現馬可斯根本沒有去。洛娜瞬間又氣又怒，她發現馬可斯以前給販毒集團工作時的守護項鏈不見后，便知道他的去向。她找了索尼亞一起，陪自己直接找到卡門那里，逼守衛講出卡門和馬可斯的去向。但馬可斯已經跟卡門出去了，兩人無功而返。
司法部的官員給特勤局開了會議，斥責他們的做法，并打算終止第三方軍事公司特拉斯克公司的合作。突然間，主持會議的官員七孔流血，表情痛苦，似是突然發病。特納觀察了在場的人，其中一名安保人員正看著痛苦不堪的官員，露出得意的笑容。坎貝爾訓練出來的變種人已經滲入到特勤局了，這讓特納又驚喜又擔憂。
地下組織中，負責破解檔案的變種人把檔案都破解出來了。她發現了一個奇怪的地方，就是這些間諜變種人組織都不是來自政府，而是來自一個第三方軍事公司，特拉斯克。里德對這個名字十分熟悉，他的父親在這個公司做了半輩子的工作。
在1952年的英國倫敦，有一對變種人兄妹匿藏在這里。這對兄妹利用自己的異能力，在世界各地制造了多個大型的恐怖襲擊，正在東躲西藏逃避國際刑警的追捕。
里德看見特拉斯克這個公司名字后，發現自己的命運和變種人從一開始便似乎冥冥中有所關聯。他的父親在這個公司工作了35年，和自己從小聚少離多，關系不好。里德對妻子和兒女都稱自己的父親已經死了，其實不然，他的父親奧托還活著，開著一個古董店安享晚年。
約翰終于找到克拉麗絲，向她表示了歉意，勸她回變種人組織。克拉麗絲這時雖然對約翰還有抵觸，但她想回自己以前待的地方看看。那里是一對好心的夫婦經營的地方，收養了很多變種人孤兒。然而，克拉麗絲回到舊時住處時，發現這里一片狼藉，還滿地血跡。約翰通過現場重現的異能，看見這里被人搜查過，克拉麗絲的養父母也喪了命。
經過一番追查，克拉麗絲還是找到了從舊處逃掉的變種人兄弟姐妹。他們被一位好心的牧師收留了，目前藏在永恒恩典教堂。就在地下組織打算去把這些同類人接回基地時，其中一位有讀心術能力女孩指著一個婦女，說她的想法有點奇怪。果然，約翰他們靠近這位女性，對方便激烈反抗。大伙兒費了九牛二虎之力終于把她制服了。
回到基地后，這位女性情緒失控，到處亂撞，狀態還十分奇怪，想犯了毒癮。檔案顯示，她叫克洛伊，因為自己的女兒被特勤局的人傷害，在反抗時造成了破壞，于是被帶走了。凱特琳想起她這種犯毒癮的現象，跟變種人被打了“基克”后的反應一樣?！盎恕笔且环N變種人毒品，能讓變種人迅速變強，但會上癮?？上攵?，特拉斯克對克洛伊做了多么可怕的事。
里德向家人坦白了一切后，便提出要親自去找父親談談，看看能不能在他口中問出些有用的情報。約翰則和里德結伴，陪他走這一趟。
再次見到父親，里德百感交集。里德把屈藏在心中多年的委屈傾訴出來，并把自己一對變種人兒女的情況告訴了父親奧托。奧托聽到這里，突然覺得應該讓兒子知道真相，于是把他帶了上樓。
原來，里德的爺爺、姨婆，就是上世紀中時期，臭名昭著的變種人兄妹“芬利斯雙子”——安德利亞·斯特拉克、安得利亞斯·斯特拉克。他們的能力和勞拉還有安迪的能力如出一轍。奧托本身也是變種人，但從父親安德利亞手中逃脫了，自此之后便潛心研究克制變種人的基因X，希望減少變種人的危害。這時奧托坦言，里德本來也是變種人，但是奧托希望他能過正常人的生活，于是在他身上植入抑制基因。但那次，里德生病了，自此之后，奧托便覺得自己沒有臉見兒子，于是斷絕了往來。
原來父子間多年的隔閡都是因為誤會，里德頓時感慨命運是多么會捉弄人。
父子相聚沒過多久，坎貝爾教授便帶著一隊人馬來到奧托的古董店外。此時，能屏蔽變種人能力的“脈沖”按照坎貝爾的命令，施展了能力，隨后坎貝爾便帶著搜查令，要求搜查奧托的房子。里德和約翰在二樓帶著坐以待斃的心情，等著怎么去迎戰，突然間，奧托不受“脈沖”的阻礙，施展了自己的能力。古董店瞬間產生了毀滅性的爆炸，坎貝爾也受了傷離去。
大伙兒合力制服了克洛伊后，總算能在她垂死之際，讓讀心女孩把特拉斯克對她做的行為讀了出來。特拉斯克公司對變種人做的的各種非人手段，實在讓人毛骨悚然。
二十多年沒有見面，再見竟是永別，父親就在自己的眼前死去，里德一直久久不能釋懷。他回到基地，把事情告訴了家人。妻子凱特琳聽見里德說起自己的家族史，還有他的爺爺、姑奶奶的超能力和自己一對兒女的超能力一模一樣后，不禁擔心起來。更讓凱特琳感到困惑的是，為什么里德沒有遺傳到超能力。里德思量了一下，決定把真相告訴凱特琳。
里德本身也是超能力者，只是他父親有意不讓他認為自己擁有超能力。而且奧托為了阻止自己家族中的X基因，他窮盡一生研究X抑制因子，并在里德身上獲得了成功。凱特琳知道真相后，似是責怪里德一直不把真相告訴她。凱特琳認為一家人不應該對彼此有所隱瞞，她決定把他們祖爺爺和祖姑奶奶的能力真相告訴安迪和勞拉。
在父母的監護下，安迪和勞拉嘗試拉手，重現他們祖先的能力。結果讓安迪和勞拉大為震驚，他們兩人的能力，一個聚合，一個分離，兩人的能力結合，足以造成極端的毀壞。安迪和勞拉既開心又害怕，他們從未感受過如此強大的力量，但又很怕會傷害別人。
讀心術女孩埃斯梅被安置在變種人基地，但她似乎另有所圖。她懇求基地的變種人能聯合起來，幫她救走還被困在特拉斯克的其他變種人。起初洛娜和索尼婭都很抗拒這個提議，但埃斯梅似乎操控了洛娜的夢境，讓洛娜看見，假如現在不出手，后果將會是變種人們被軍隊控制，她和馬可斯的孩子將會有危險。
最后，變種人組織決定接受埃斯梅的提議，開始部署特拉斯克的變種人營救計劃。勞拉和安迪的能力非同尋常，在同伴們的勸說底下，凱特琳和里德同意讓一雙兒女參與這次行動。
他們看準時機，先是克拉麗絲幫忙制造空間缺口，把安迪、勞拉和索尼婭和自己送進監獄，然后找機會弄壞電力安保設備，約翰、洛娜等人則在特拉斯克外圍準備撤離的工作。
然而，特納很快便察覺到他們的闖入，隨即帶著武裝部隊和哨兵機器人去追趕幾位闖入者?？死惤z和索尼婭先后被抓住了，安迪和勞拉只好落荒而逃。凱特琳和里德透過監控錄像看見兒女被一群攜帶殺傷力武器的人追著，心里別提多擔心了。
姐弟兩被追至窮途末路，這時，兩人還剩最后一個自救方法——重現祖先“芬利斯雙子”的超能力。安迪和勞拉手拉手，開始施展彼此的能力。就在兩人看見了建筑分崩離析的景象時，安迪突然松開了手。他不希望這棟大廈的人會因為他倆的能力而死亡。特納帶著武裝部隊趕到了，把兩人團團圍住。