“魔彈之射手”竟然抓了THIRD-i情報分析官澤北的兒子陵太做人質，借此要挾澤北做內奸為他提供情報，而且他還拿陵太在網上玩“殺人游戲”，藤丸對他沒人性的做法十分憤怒，經過努力搜索，他終于找到了藏人質的地點，成功地安全救出了陵太。?不過和陵太被一起救出的少年卻讓藤丸覺得有些不對勁，藤丸和秋原決定讓兩位少年單獨談話，試著尋找線索，結果新的事實讓藤丸大吃一驚，原來這名少年就是他費勁千辛萬苦要尋找的“Hornet”。藤丸調查Hornet的筆記本電腦后掌握了一定證據，而這些事實讓Hornet有些動搖。另一方面，音彌趕到教授和響等他的地方，沒想到等待他們的卻是“魔彈之射手”的狙擊，而且他還負了傷。被音彌拼命救下來的教授在事后說出了“日本再啟動計劃”的全部內容，另外，突然倒下的J竟然一直沒能恢復意識。

THIRD-i終于找到Hornet，而且藤丸的一些證據讓他內心動搖，最終他說出了真正的幕后黑手，操縱一切的人其實就是蜘蛛，面對這個奪走了葵的生命，不知多少次把自己逼到窮途末路的蜘蛛，藤丸難掩心中的憤恨之情。這次魔彈之射手又從電視臺的播出系統上下手，促使年輕人聯合起來對九條總理進行體制批判，這樣他也終于啟動了“日本再啟動計劃”，讓日本為恐怖核彈頭疼，而且蜘蛛還侵入了THIRD-i的主系統，直接攻擊THIRD-i本部。就在此時，和響一起離開THIRD-i的藤丸竟然接到了蜘蛛的來電，對方充滿挑釁意味地告訴藤丸和他一起玩，藤丸怎么可能接受這樣的對待，他立刻開始偵查蜘蛛的所在地，最終鎖定了敵人蜘蛛電腦終端的所在位置，但是此時對方早已打開了榮譽之門。藤丸從監控錄像上看到了南海，南海也打算潛入調查，沒想到差點被倉野醫生殺死，原來她就是蜘蛛，可是當藤丸趕到時，倉野卻指證南海才是蜘蛛，還請求藤丸救自己。

蜘蛛的身份終于得到證實，倉野醫生才是蜘蛛，當她拿著手槍指向藤丸，再一次說出“我們一起玩”這句話時，藤丸不禁愕然，而且對方還說一直都在看著他，讓藤丸覺得很不舒服，當蜘蛛離開現場之后，南海為了讓藤丸不要管自己，抓緊時間去阻止核彈爆炸，抓住蜘蛛，不惜拿槍指著自己的腦袋。對于自己和蜘蛛到底是什么關系，藤丸怎么也回想不起來，只覺得特別苦惱，但是他知道了蜘蛛的真正目的是使用設備的告訴增殖爐讓核彈爆炸，藤丸想解開密碼阻止程序，但是他做不到，所以他準備直接去追蜘蛛，加納、霧島等THIRD-i的成員隨后也陸續趕去了。就在此時，秋原終于查到了蜘蛛的過去，并且把這個事實通知給藤丸，得知自己和蜘蛛的關系之后，藤丸簡直無法相信這是事實，不過他最終還是下定決心來到蜘蛛等他的房間里。關系到日本命運的一戰終于來了，藤丸要去改變自己和國家的命運。