李銘聲在碼頭被武警攔住，情急之下撒腿而逃，手機掉落。俞靜終于說出了真相，然而，當她再與李銘聲聯系時，卻沒了消息，WK的研制被迫停了下來。依然被困在庫房里的丹丹和王小陽，從死去的歹徒身上，找到一個手機。羅爺爺對吳剛放棄尋找丹丹非常生氣，然而吳剛卻稱為了大多數人的安危，他必須做出殘酷的選擇。這時，吳剛的手機響了。聽到丹丹的聲音，吳剛大喜過望。拆爆依然沒有進展。海田拉響了最后一次警報。直升機過來接WK的研制人員，不愿走的俞靜也被架了上去。

隨著爆炸時間的逼近，吳剛決定放棄拆爆，然而想到依然滯留在城市中的二十多萬人，華專家不愿意放棄。鐘平也不愿撤離，決心堅持到城市的最后一刻。安全歸來的丹丹哭著撲到在父親的懷里，調皮的王小陽，卻趁機鉆進了拆爆車。見到電腦中的魔方，他忍不住動起手來。沒想到奇跡發生，魔方之門居然打開了……聞知地下彈藥庫的威脅解除，俞靜要求返回實驗室，繼續完成WK的研制。眾人正考慮對巨鯊號實行注水沉船，詹姆斯博士卻提出反對，認為那樣將對海洋造成無法挽救的破壞。這時，終于登上了巨鯊號的李銘聲將獲得的一組數據交給了林海生。

研制出來的WK被送到了巨鯊號，經過試驗，非常成功。吳剛下令盡速配制巨鯊號所需要的十噸WK。正當吳剛心里稍稍松下一口氣，鐘平卻又帶來一個不好的消息，因為化學反應，HD-3的爆炸時間提前……為了最大限度的減低HD-3爆炸所產生的危害，吳剛決定聽取詹姆斯博士的建議，封閉貨艙，噴灑專用的化學試劑，并且將巨鯊號駛離港口最少三海里。勞爾船長下達開船命令后，大副安德魯因為恐懼，跳海逃走。這時，林海生出現在勞爾船長的身邊……林海生告訴勞爾，他是來贖罪的，他要為自己的過失付出代價。在離港口三海里的地方，巨鯊號在眾人的注視之下爆炸……望著依然如故的城市，直升機上的吳剛和鐘平，心中生出一種無法說出的感覺……