“科警研”為犯罪搜查的進步做了很大的貢獻，警察廳副長官川瀨要三為了表彰他們即將到來。可是，九十九為首的科警研成員在門口準備迎接他的時候，副長官卻在他們眼前被人用來福槍擊倒。雖然警察立刻封鎖了附近的大樓，進行警戒，可是還是讓犯人逃脫了。九十九在狙擊現場發現了用血寫上X的手絹，突然意識到這時“給大家的挑戰書”。

另一天，這次輪到原警視廳搜查一課刑事部長的眾議院議員尾崎幸平被人誘拐。而尾崎的車上也留有相同記號的手絹。警察因此斷定這也是射殺副長官的兇手所為。犯人發表聲明“48小時以內將對尾崎行刑”可是…！？而且，隨著時間的流逝，第三起誘拐時間又將發生……

九十九讓丹原警官檢查尾崎伸一郎的DNA，檢查結果表明這起案件與17年前的案件有關。在搜查與17年前的案件有關的北里家時，警察廳副長官川瀨說出了線索，發現下一次誘拐的目標是在東京科學博物館做演講的津田義一。

當警察到達博物館時，犯人已經綁架了津田義一，并告知警察會場安裝了10個炸彈。在疏散觀眾時，九十九發現了疑點，并獨自一人前去調查。

警察在封鎖會場搜查犯人時發現，津田義一并沒有被綁架，實際被綁架的人居然是九十九……！