五年前，九十九龍介還在夜店工作，某天回家途中遭遇突發事故，腦部受傷被送進醫院，醫生馬上打開他的頭蓋骨為其手術，但他的大腦卻發生了讓人意想不到的變化。如今，九十九在科學警察研究所工作，他幫助刑警偵破了市內發生的一起炸彈事件，但是刑警丹原卻很討厭他。當天夜里，市內又發生了連續殺人案件……

刑警津村修介遭人殘忍殺害，被砍斷雙手和左腳，警方核對犯人的指紋，發覺竟然是三年前兇殺案的罪犯竹神貞次郎，但是他早在一年前就去世了。津村正是當時逮捕竹神的人，搜查一課認為他真的復活了，與這起案件相關的高田英一也被殺害了，現場九也有竹神的指紋，但九十九卻認為可能是據說是最后一個被竹神殺害的后藤的未婚妻宮瀨久美子為他報仇……

某大學醫院內發生了殺人事件，負責調查的丹原和林田查看了院內的監控器，但是犯罪現場卻沒能留下疑犯的身影。正當他們困惑的時候，九十九來到醫院，他對這起透明人事件非常感興趣。案發時，醫生和久井等不少相關人員都在現場，九十九開始從科學視點驗證此事，此時，透明人再次出手，襲擊了和久井的未婚妻后藤……