李時珍回蘄州后，費盡周折將萇葶接回，與家人團聚，然后帶著兒子建元和徒弟龐憲等人專心編修《本草》，他們還輾轉湖廣、江蘇等地，歷盡千辛萬苦，尋醫問藥，為修本草收集第一手資料。萬歷六年，六十一歲的李時珍終于完成《本草》編修，并取名《本草綱目》。

為了此書付印，李時珍帶著黃一豐東奔西走卻到處碰壁，顧先生出面請王世貞為此書寫序。萬歷十八年，金陵藏書家胡承龍見到《本草綱目》，并欣然應允出資刻印此書。此后不久，李時珍和斯語先后去世。

三年后，《本草綱目》全部刻印完畢，萇葶滿意地離去。李時珍兒子建元將這部巨著進獻給神宗皇帝，神宗派使者將《本草綱目》送往大明鄰國，并流傳至世界各地。《本草綱目》不僅對中醫藥學具有極大貢獻，而且對世界自然科學的發展也起了巨大的推動作用。