為了救出妝裕,總一郎和月拿著筆記本前往日村指定的地點。模木等人也按尼亞的指示,伺機闖入現場支援。月、總一郎與日村對峙。就月將死亡筆記交給日村的一瞬間,總一郎去救妝裕,而與此同時,尼亞的身體發(fā)生變化,尼亞的另一個人格梅洛占據了身體,而梅洛便是操縱日村的幕后主使者。梅洛支走了特種部隊,帶手下控制了模木等人,就這樣,日村一伙從月手中順利奪走筆記本。但是,月仍想利用這種形勢奪回筆記本并計劃了周密的作戰(zhàn)方案。根據妹妹的證言,月知道了日村一伙中某人的真實身份。他指示海砂和魅上照追蹤那伙人。
死亡筆記被搶走,基拉對策室陷入山窮水盡的境地,不過,有人自稱“基拉”打來電話,告知了日村的藏身處。總一郎對那人提供的情報的真假心存疑慮,而月卻極力主張立刻行動,最后,束手無策的基拉對策室只能按這個線索追捕日村、梅洛。
果然,警方抓住了梅洛,但日村下落不明。然而,正當身為檢察官的魅上照打算利用提審梅洛的機會發(fā)現她的真名時,梅洛卻逃跑了。月的計劃被打亂。
另一方面,L死后,總一郎總覺得月的言行十分可疑,他看了渡拿出的L遺留的錄像后得知,現在發(fā)生的一切都在L的計劃之中。
在魅上照的幫助下,月成功地讓日村拱手交出死亡筆記本。黑色死亡筆記本失而復得,就在月激動萬分之時,背后傳來總一郎的聲音。
兒子是基拉的事實讓總一郎心痛不已,為了讓月幡然悔悟,他毅然在筆記本上寫下自己的名字。
為了阻止月的罪行,繼L之后,總一郎也付出了生命的代價。為了造就一個沒有罪兒犯的世界下定決心要不擇手段的月,一心一意要除掉梅洛,將父親之死嫁禍給梅洛,促使警方總動員,全城搜捕梅洛。而與此同時,梅洛也為了證明月是基拉而進行了周密的布置,布下天羅地網。
終于闖進梅活的藏身處的月,命令魅上照用死神之眼看清梅洛的真實姓名以便殺死她,同時他計劃借海砂之手除掉基拉對策室的全體成員。然而,尼亞事先讓渡把魅上照的筆記調了包。
這時,一直配合尼亞行動的模木等人現身,模木把總一郎生前的對他們的囑托告訴了月。
在尼亞播放的L遺留視頻的最后部分中,L要月選擇是認輸贖罪還是就地迎接死亡,而且不管哪種,月都輸了。