為了救出妝裕，總一郎和月拿著筆記本前往日村指定的地點。模木等人也按尼亞的指示，伺機闖入現場支援。月、總一郎與日村對峙。就月將死亡筆記交給日村的一瞬間，總一郎去救妝裕，而與此同時，尼亞的身體發生變化，尼亞的另一個人格梅洛占據了身體，而梅洛便是操縱日村的幕后主使者。梅洛支走了特種部隊，帶手下控制了模木等人，就這樣，日村一伙從月手中順利奪走筆記本。但是，月仍想利用這種形勢奪回筆記本并計劃了周密的作戰方案。根據妹妹的證言，月知道了日村一伙中某人的真實身份。他指示海砂和魅上照追蹤那伙人。

死亡筆記被搶走，基拉對策室陷入山窮水盡的境地，不過，有人自稱“基拉”打來電話，告知了日村的藏身處。總一郎對那人提供的情報的真假心存疑慮，而月卻極力主張立刻行動，最后，束手無策的基拉對策室只能按這個線索追捕日村、梅洛。

果然，警方抓住了梅洛，但日村下落不明。然而，正當身為檢察官的魅上照打算利用提審梅洛的機會發現她的真名時，梅洛卻逃跑了。月的計劃被打亂。

另一方面，L死后，總一郎總覺得月的言行十分可疑，他看了渡拿出的L遺留的錄像后得知，現在發生的一切都在L的計劃之中。

在魅上照的幫助下，月成功地讓日村拱手交出死亡筆記本。黑色死亡筆記本失而復得，就在月激動萬分之時，背后傳來總一郎的聲音。

兒子是基拉的事實讓總一郎心痛不已，為了讓月幡然悔悟，他毅然在筆記本上寫下自己的名字。

為了阻止月的罪行，繼L之后，總一郎也付出了生命的代價。為了造就一個沒有罪兒犯的世界下定決心要不擇手段的月，一心一意要除掉梅洛，將父親之死嫁禍給梅洛，促使警方總動員，全城搜捕梅洛。而與此同時，梅洛也為了證明月是基拉而進行了周密的布置，布下天羅地網。

終于闖進梅活的藏身處的月，命令魅上照用死神之眼看清梅洛的真實姓名以便殺死她，同時他計劃借海砂之手除掉基拉對策室的全體成員。然而，尼亞事先讓渡把魅上照的筆記調了包。

這時，一直配合尼亞行動的模木等人現身，模木把總一郎生前的對他們的囑托告訴了月。

在尼亞播放的L遺留視頻的最后部分中，L要月選擇是認輸贖罪還是就地迎接死亡，而且不管哪種，月都輸了。