雖然總一郎賭上性命演了一場戲,但L仍不能百分百確信月不是基拉。為了說服L,月也作為對策室的一員參與搜查行動。模木報告說,新出現(xiàn)的基拉很可能與日本有代表性的企業(yè)四葉草集團(tuán)有關(guān)聯(lián),月聽了以后,為了證明自己的清白,向L發(fā)誓要盡全力抓住基拉。
雖然彼此心存芥蒂,但是在搜查過程中,月與L結(jié)下了奇特的友情。這時,借著參加四葉草集團(tuán)廣告代言甄選的機(jī)會,海砂、松田和月潛入了四葉草本部。另一方面,害怕警方察覺基拉的行動尾尾井等四葉草集團(tuán)的干部們聘請了號稱能力僅次于L的偵探Babel進(jìn)行調(diào)查。
在甄選現(xiàn)場,海砂在Babel逼的追問下,吐露了基拉對策室的內(nèi)情。“第三個基拉”與月、L的頭腦戰(zhàn)漸漸白熱化,L告訴總一郎等人了Babel的真實(shí)身份就是尼亞。L設(shè)下引蛇出洞之計,“第三個基拉”果然露出了馬腳。“第三個基拉”被捕,L從他的提包中拿出死亡筆記。
在接觸到筆記的一瞬間L看到了死神雷姆,大驚之下將筆記掉落在地。撿起筆記立刻恢復(fù)了記憶的月當(dāng)場殺死“第三個基拉”,重新取得筆記的所有權(quán)。
被作為“第三個基拉”逮捕的火口突然死亡。在火口帶著的黑色死亡筆記上寫著“這個筆記上寫下姓名的人,如果在十三天以內(nèi)不寫下下一個名字就會死掉”,根據(jù)這一規(guī)則,L宣布月和海砂是清白的。
得到L完全信任的月作為L的友人加入了基拉事件調(diào)查。在失去基拉的記憶前,對筆記做出種種安排的月讓海砂去取出埋在森林里的紅色筆記,以便讓她再次利用“死神之眼”查到L的真實(shí)姓名,但是就在海砂接觸筆記本前被人襲擊,筆記本也被搶走。
襲擊海砂的油多川的幕后主使是海砂認(rèn)識的檢察官魅上照。魅上照從筆記本里夾著的信中得到了海砂與基拉的關(guān)系,開始代替基拉制裁罪犯。新的基拉事件發(fā)生本來更加證明了月的清白,而L卻加深了對月的懷疑。為助L一臂之力,尼亞查找從海砂手中奪走筆記的犯人。
尼亞雖然從油多川得到了從海砂處搶筆記被搶的口供,但在說出幕后主使者的姓名前,油多川死于心臟麻痹。這時,與魅上照取得聯(lián)絡(luò)的月,著手進(jìn)行新的除掉L的計劃。魅上照按計劃來到基拉對策室要求收繳火口一案的物證,實(shí)則是要利用“死神之眼”查明L的真實(shí)姓名。另一方面,L也賭上自己的性命向基拉發(fā)出直接對決的挑戰(zhàn)。
借助魅上照的“死神之眼”,月終于將L的本名L.Lawliet寫在筆記上。然而,早有防備的L對筆記做了手腳,真的死亡筆記已交給總一郎保管,月拿到的不過是渡制作的贗品。終于確認(rèn)月就是基拉的L敦促月自首。與此同時,總一郎等人也趕到現(xiàn)場,突然事態(tài)發(fā)生重大變化,L被害。
月確信這次是贏了L,決定盡早取回筆記,遂以為好友L報仇為名繼續(xù)留在基拉對策室。但是,在L墓前,渡向基拉對策室的成員展示了L生前錄好的視頻,L指定尼亞成為他的繼承人,而且叮囑她和基拉對策室的成員一定不能讓基拉奪回筆記。尼亞來到對策室,很快推理出殺死L的兇手就在那日來基拉對策室收繳火口一案證據(jù)的檢察官中,讓眾人刮目相看。
另一方面,她卻對總一郎的兒子、L的生前唯一的朋友夜神月缺乏警惕,這讓月不禁洋洋得意。月讓海砂恢復(fù)了關(guān)于筆記的記憶,從此以后,月、海砂與魅上照三人聯(lián)手鏟除罪犯。基拉肅清罪犯的勢頭越來越猛烈,并漸漸成為得到人們壓倒性支持的人物。為了早日實(shí)現(xiàn)沒有犯罪者的世界,月再三試探父親,想奪回黑色死亡筆記。這時,夜神妝裕被綁架了。
總一郎接到綁架者打來的電話,犯人要求用死亡筆記做交換。尼亞斷定是基拉綁架了妝裕,月則決定利用這個機(jī)會奪回死亡筆記。
通過侵入監(jiān)控攝像頭系統(tǒng),尼亞在錄象中找出了綁架妝裕的犯人——基拉對策室成員日村章子。月與總一郎去救妝裕,與此同時,尼亞也開始了自己的行動。