雖然總一郎賭上性命演了一場戲，但L仍不能百分百確信月不是基拉。為了說服L，月也作為對策室的一員參與搜查行動。模木報告說，新出現(xiàn)的基拉很可能與日本有代表性的企業(yè)四葉草集團(tuán)有關(guān)聯(lián)，月聽了以后，為了證明自己的清白，向L發(fā)誓要盡全力抓住基拉。

雖然彼此心存芥蒂，但是在搜查過程中，月與L結(jié)下了奇特的友情。這時，借著參加四葉草集團(tuán)廣告代言甄選的機(jī)會，海砂、松田和月潛入了四葉草本部。另一方面，害怕警方察覺基拉的行動尾尾井等四葉草集團(tuán)的干部們聘請了號稱能力僅次于L的偵探Babel進(jìn)行調(diào)查。

在甄選現(xiàn)場，海砂在Babel逼的追問下，吐露了基拉對策室的內(nèi)情。“第三個基拉”與月、L的頭腦戰(zhàn)漸漸白熱化，L告訴總一郎等人了Babel的真實(shí)身份就是尼亞。L設(shè)下引蛇出洞之計，“第三個基拉”果然露出了馬腳。“第三個基拉”被捕，L從他的提包中拿出死亡筆記。

在接觸到筆記的一瞬間L看到了死神雷姆，大驚之下將筆記掉落在地。撿起筆記立刻恢復(fù)了記憶的月當(dāng)場殺死“第三個基拉”，重新取得筆記的所有權(quán)。

被作為“第三個基拉”逮捕的火口突然死亡。在火口帶著的黑色死亡筆記上寫著“這個筆記上寫下姓名的人，如果在十三天以內(nèi)不寫下下一個名字就會死掉”，根據(jù)這一規(guī)則，L宣布月和海砂是清白的。

得到L完全信任的月作為L的友人加入了基拉事件調(diào)查。在失去基拉的記憶前，對筆記做出種種安排的月讓海砂去取出埋在森林里的紅色筆記，以便讓她再次利用“死神之眼”查到L的真實(shí)姓名，但是就在海砂接觸筆記本前被人襲擊，筆記本也被搶走。

襲擊海砂的油多川的幕后主使是海砂認(rèn)識的檢察官魅上照。魅上照從筆記本里夾著的信中得到了海砂與基拉的關(guān)系，開始代替基拉制裁罪犯。新的基拉事件發(fā)生本來更加證明了月的清白，而L卻加深了對月的懷疑。為助L一臂之力，尼亞查找從海砂手中奪走筆記的犯人。

尼亞雖然從油多川得到了從海砂處搶筆記被搶的口供，但在說出幕后主使者的姓名前，油多川死于心臟麻痹。這時，與魅上照取得聯(lián)絡(luò)的月，著手進(jìn)行新的除掉L的計劃。魅上照按計劃來到基拉對策室要求收繳火口一案的物證，實(shí)則是要利用“死神之眼”查明L的真實(shí)姓名。另一方面，L也賭上自己的性命向基拉發(fā)出直接對決的挑戰(zhàn)。

借助魅上照的“死神之眼”，月終于將L的本名L.Lawliet寫在筆記上。然而，早有防備的L對筆記做了手腳，真的死亡筆記已交給總一郎保管，月拿到的不過是渡制作的贗品。終于確認(rèn)月就是基拉的L敦促月自首。與此同時，總一郎等人也趕到現(xiàn)場，突然事態(tài)發(fā)生重大變化，L被害。

月確信這次是贏了L，決定盡早取回筆記，遂以為好友L報仇為名繼續(xù)留在基拉對策室。但是，在L墓前，渡向基拉對策室的成員展示了L生前錄好的視頻，L指定尼亞成為他的繼承人，而且叮囑她和基拉對策室的成員一定不能讓基拉奪回筆記。尼亞來到對策室，很快推理出殺死L的兇手就在那日來基拉對策室收繳火口一案證據(jù)的檢察官中，讓眾人刮目相看。

另一方面，她卻對總一郎的兒子、L的生前唯一的朋友夜神月缺乏警惕，這讓月不禁洋洋得意。月讓海砂恢復(fù)了關(guān)于筆記的記憶，從此以后，月、海砂與魅上照三人聯(lián)手鏟除罪犯。基拉肅清罪犯的勢頭越來越猛烈，并漸漸成為得到人們壓倒性支持的人物。為了早日實(shí)現(xiàn)沒有犯罪者的世界，月再三試探父親，想奪回黑色死亡筆記。這時，夜神妝裕被綁架了。

總一郎接到綁架者打來的電話，犯人要求用死亡筆記做交換。尼亞斷定是基拉綁架了妝裕，月則決定利用這個機(jī)會奪回死亡筆記。

通過侵入監(jiān)控攝像頭系統(tǒng)，尼亞在錄象中找出了綁架妝裕的犯人——基拉對策室成員日村章子。月與總一郎去救妝裕，與此同時，尼亞也開始了自己的行動。