五百年前，尚未得道的白蛇在峨眉修煉。峨眉山上有一只蛙面水蛇，靠吞吃其他小妖來增加自己的功力。觀音聽說此事，給了法海一枚鎮魔寶珠，派他去收服這條為非作歹的水蛇。一日，蛙面水蛇又在吞吃小妖，其中一條小青蛇馬上就要喪命，已經有了五百年功力的白蛇出現，與蛙面水蛇打斗起來。但白蛇不是對手，也落到了要被吞吃的下場。危急關頭，一個拿著竹笛的小牧童出其不意用竹笛打在水蛇七寸之處，暫時解救了白蛇。蛙面水蛇又要發起進攻時，法海趕到，用寶珠收服了他，并將他壓在杭州雷峰塔下，又祭起寶珠鎮在塔頂。
五百年后，小青已經修煉的法術高強，經常戲耍上山打獵的人。沒想到法術卻總被白蛇破掉。小青對此心懷不忿。已有千年道行的白蛇想要成仙。觀音菩薩前來點化白蛇，問她成仙前是否有未了的心愿。白蛇拿出隨身攜帶的竹笛，說五百年前，這個竹笛的主人救了她一命，自己許愿要報救命之恩。菩薩說，等她了卻了心愿自己再來度她成仙，并暗示白蛇去西湖邊尋找轉世的小牧童。偷偷跟蹤白蛇的青蛇見到菩薩對白蛇面授機宜，以為菩薩給了白蛇成仙的秘法，心中既艷羨又好奇，決定跟隨白蛇下山，一探究竟。青蛇一路偷偷跟隨白蛇來到杭州西湖，見到人間百態，處處覺得新鮮有趣，鬧出很多笑話。
雷峰塔里有一個年輕僧人好似泥塑一般在這里坐了五百多年了，一直看守著這座寶塔！這塔鎮壓的正是當年野心勃勃，欲吞噬天地的蛙面水蛇。五百年來，蛙面水蛇的死忠手下蟾蜍精招兵買馬，已經在錢塘江底建立了一座水下之城。為了營救蛙面水蛇出塔，蟾蜍精費勁心力挖通通往塔下的地道，哪知因為有寶珠的震懾，當蟾蜍精觸碰最后一塊磚石的時候，鎮魔寶珠突然發出耀眼光芒，將蟾蜍和一干小妖崩開。法海感覺到妖魔的蠢蠢欲動，告知徒弟要嚴加看管寶珠。蛙面水蛇的聲音卻從塔底傳了出來：法海，你關不住我，我出山的日子就要到了！
白蛇發現了跟蹤自己的青蛇，讓她回峨眉山修煉。小青不肯，反倒追問菩薩到底給了白蛇什么成仙的指點，白蛇不予理睬。小青三番幾次挑釁，想要激怒白蛇與自己大戰，白蛇都不應戰。兩人且行且斗時，小青看到路旁樹上有一個后生（許仙）在爬樹夠鳥窩！決定懲戒此人一下。小青拔下玉簪化作長劍甩出，要將樹枝砍斷。白蛇急忙出手阻攔。二人打斗起來。最后，小青的劍還是砍斷了樹枝，白娘子一面用水袖救起許仙，一面一掌打飛小青。小青摔落在地上，寶劍也斷成兩截。白蛇嚴厲地教訓小青不該隨意出手傷人，小青很不服氣：這個小子要傷害窩中的小鳥，就是該打！
小青含怒離去，而白蛇不禁回頭望了一眼自己救下的少年，卻看到少年從懷中掏出一只雛鳥，繼續爬樹，把雛鳥送回窩里。白蛇心中一暖，想起救過自己的小牧童，不禁對這個后生多看了幾眼。青、白二蛇的斗法驚動了錢塘江底的蟾蜍精，他急忙通過隔空傳音報告蛙面水蛇。蛙面水蛇心生一計，決定利用魯莽的青蛇破除雷鋒塔頂的寶珠。
小青到西湖邊的紫陽山上尋找紫陽仙草療傷。遇到紫陽小山神。小山神無意提到紫陽仙草的療效遠遠不如雷峰塔上的寶珠好，這寶珠不僅能療傷還能增加五百年的法力！一聽這話，小青怎能不動心？小山神又添油加醋地說，只有法力非常高強的人才能得到寶珠，凡凡之輩就不要去冒險了！小青當下決定上雷鋒塔盜取寶珠。然而小青剛一走，這小山神便變成一個小妖，跳入錢塘江中。
小青設計騙開法海，上塔盜寶，卻接近不得。原來法海設下咒符，有肉身的都不能接近塔頂。善用花草做法的小青心生一計，利用蒲公英做成一只大手，破解咒符將寶珠取下。不想她剛剛拿到寶珠，突然天崩地裂寶塔坍塌。
沒有寶珠震懾，蛙面水蛇重獲自由。青蛇，法海不得不與蛙面水蛇交戰！法海不小心被蛙面水蛇封在河蚌殼內。小青也被蛙面水蛇打成重傷，眼見要遭毒手，危急時刻，白蛇出現與蛙面水蛇纏斗起來，但也不是蛙面水蛇的對手。就在蛙面水蛇對白蛇致命一擊時，突然空中出現一道靈光將白蛇罩住，蛙面水蛇撞上靈光后被震落掉入錢塘江。蘇醒的白蛇去尋找青蛇，發現青蛇已不見了蹤影。白蛇知道小青犯了天條，趕緊逃跑。
受傷暈倒的青蛇醒來時發現自己被伏魔鎖縛住手腳跪在觀音面前。菩薩斥責小青放出蛙面水蛇，闖下彌天大禍，人間將因此生靈涂炭，因此要廢掉小青五百年的道行作為懲罰。小青認錯，懇請菩薩原諒。菩薩告訴她，鎮魔珠是蛙面水蛇的最大克星。可是現在因她妄為，寶珠已經失去了鎮魔的能力，必須把寶珠帶到凡塵去吸取人世間的強大力量才能再次收復蛙面水蛇。菩薩與小青定下一年之約，如果一年內小青能讓寶珠重放光芒收服蛙面水蛇就免去責罰。小青領命，重回凡間。二郎神抓住小青，依照天條，小青的過錯要被收去五百年修行，但是關鍵時刻觀音出來幫助替小青解圍，懇求機會，布置給小青任務，一年的期限。
對人沒有什么好感的小青來到人間看到的盡是些爾虞我詐，欺行霸市，魚肉鄉里的種種惡行……寶珠的光芒不僅沒有變亮反而更暗了。小青真不知道該去哪里找鎮魔的力量。一日，小青來到了錢塘縣的“醫仙廟”，見眾人都在朝拜醫仙，便好奇地去看熱鬧。她發現所謂的醫仙不過是個藏在神像里，只會騙吃騙喝的小妖怪，而這個小妖怪居然就是之前唆使自己去盜寶珠的“小山神”！