在東京大田區位于羽田機場附近的街區有家舊書店名叫“九十九堂”，店主是九十九櫻。舊書店的深處有一間休息室，在那里，阿櫻為無處可去的顧客們提供免費的親子飯。離家出走的少女二宮淺見每天與正木理惠等人做著不法行為，昏昏噩噩地打發著日子。

這天晚上，她們為躲避壞人逃到公園。就在二人腹內空空時，理惠想起聽說附近有個免費吃親子飯的地方，于是她們找到九十九堂。在休息室里有從少年院出來后為幫妹妹實現偶像夢而努力工作的君冢達也，有擅長畫畫卻患有人際交往困難癥的玉軒玄，還有不良少年和孤獨癥患者。對于突然到訪的淺見和理惠，阿櫻并不深究她們的來歷，而是端出溫暖的親子飯。但當淺見提出借宿一晚時，阿櫻卻斷然回絕了。淺見被親子飯的美味感動，偶爾還會來休息室。

這天，在休息室，她向達也說了自己的身世。她一歲時差點被生母所害，是一個高中生服務員救了她，但那個少年卻受連累被殺。聽到這話，阿櫻呆呆地僵立在那里。實際上，阿櫻的兒子正是因卷入那個案件而死的。

數年前曾經在九十九堂的休息室吃過親子飯的佐伯風花帶著三歲的女兒來舊地重游。阿櫻打聽她的近況，風花說現在她有交往對象，而且打算和對方同居。雖然風花做出幸福的樣子，但淺見卻覺得不對勁兒。她以前曾在公園看到過沖打秋千的女兒發火的樣子。而風花吃親子飯的方式也引起阿櫻注意。

阿櫻告訴俊太，16年前殺死她兒子悠平的少女就是淺見的母親。這奇妙的命運讓俊太吃了一驚，很擔心阿櫻與二宮一起住會不會不安全。然而，阿櫻說淺見是悠平拼命守護才活下來的，所以她要繼續保護淺見。另一方面，借住在朋友公寓的風花被趕了出來。正如淺見所料，風花的生活并不幸福。因為她是個帶著孩子的單身母親，找不到包住宿的工作，連風俗店也不雇她。走投無路的風花對女兒非常粗暴。這天，淺見帶著阿櫻做的食物來看望風花，卻看到了難以置信的情景。

阿櫻的女兒恭子離開老家“九十九堂”后，到雜志做了編輯。她正在采訪一起未成年少女私刑案件。加害者被判進少年院一年，出來后仍舊到處游蕩。而被害者因被人認錯而遭受私刑，腦部受傷嚴重，至今處于昏迷中。恭子目睹加害者理惠與不良少年團伙搞在一起做違法的事。當時淺見也在現場。為了商量給哥哥做法事，恭子回到久別的家中。她不贊同母親為居無定所的人準備親子飯。

當看到淺見后，恭子追問理惠的聯絡方式。阿櫻看到那情景感到不安。這天，阿櫻發現三個小學生身上有被班主任老師掐出的瘀青。這時，班主任御代川由希也來了。由希責備阿櫻收留學習差、不上學的學生，然后把孩子們帶走了。但是后來由希又來到九十九堂，請阿櫻給她做親子飯。由希的頭發剪短了，整個人的樣子都變了。看著由希默默吃親子飯的樣子，阿櫻產生了一絲違和感。