《仙劍奇俠傳三》故事的起因是從鎖妖塔頂端突然坍塌，封印被解除開始的。但是，更深層的因果卻要追溯到千年前的神界。神將軍飛蓬與魔將軍重樓因兩界的沖突而屢屢交手，一直難分勝負，兩人逐漸有惺惺相惜之意。重樓提出要和飛蓬在自己發現的一處新仙界中決斗，一較高下。兩人勢均力敵，比試曠日持久，最終驚動了天庭，天帝派兵捉拿飛蓬問罪，飛蓬因感知到追兵將至而分心，佩劍被重樓打落人間而落敗。 光陰荏苒，飛蓬被神界問罪貶為人，經過多次轉世成為渝州唐門新安當鋪伙計景天。同時，重樓自魔界窺探人間，偶然發現飛蓬的轉世如此卑微平凡，心中動念想要幫助景天，于是來到人間，滋擾蜀山，想要幫飛蓬找回佩劍，無意中毀壞了鎖妖塔，偶然得到了飛蓬在人間第一世——姜國太子龍陽鑄煉的魔劍。景天得到魔劍的同時，結識了唐門小姐雪見，從此改變了自己的生活。 一開始被卷入雪見家族的內部斗爭以及唐門和霹靂堂的爭斗之中，而后遇到蜀山棄徒徐長卿及其未婚妻紫萱，走上了協助蜀山尋找五靈珠，封印鎖妖塔的漫漫征途。幾個人的情愛糾葛，生離死別反復交織糾纏，雪見的離奇身世，紫萱不為人知的秘密，龍葵長久以來的心中愿望。伴隨著人類與妖界死生存亡的爭斗，而其實人的欲望，才是所有紛爭的本源。