擅長玩弄機械的高中生·高槻手綱，過著奔跑于修理委托的日常。一天，因大學部的準教授·槇原長政的委托，去訪問他的研究室。那里有一個在床上一直沉睡的少女。如同被什么引導一般觸碰到她的指尖的手綱，聽到了從某處傾注而下的聲音——。

手綱在異質的世界──金字形神塔中，第一次經歷了Handshaker的戰斗。身旁則有著與手綱握手之后蘇醒過來的芥川小代理的身影。據說只要手綱放手她便會死去。手綱突如其來遇上種種事件，難掩不知所措的模樣。而槙原則告訴那樣的他驚人的事實。

手綱跟小代理在槙原的研究室做完定期健檢。手綱問了接下來的行程，表示有想嘗試的事，小代理對此露出不可思議的表情。另一方面此時三津寺千鶴與東颯，為了做引進店鋪的說明，造訪了某個地方。那里正是手綱就讀的學校——。