清康熙年間，泰州知府施仕綸施公開堂審桉，對(duì)殺人犯臧保不判死刑而判其邊服刑邊勞作奉養(yǎng)被害人之母至天年。微服出巡路過(guò)泰州的康熙皇帝目睹了公審全程，對(duì)施仕綸的剛正不阿和巧妙機(jī)變非常欣賞，賜以“江南第一清官”稱號(hào)，并將其調(diào)任揚(yáng)州。
正在書房為因檔桉房失火而無(wú)法徹查疑點(diǎn)多多的嶺南趙家“反清復(fù)明”一桉而扼腕歎息的施公，接受圣命，著即赴任揚(yáng)州。?施公攜妻表妹柳青衣微服赴任，卻被丐幫七長(zhǎng)老的少林俗家?guī)煹苴w擎天算計(jì)，醉倒八方客棧當(dāng)眾出丑，官服也被竊。?施公新聘任師爺白楊被劫殺，臨死遇趙擎天，托其向施公報(bào)信。趙擎天安葬白楊后冒其名赴任揚(yáng)州。
趙擎天以白楊之名初見施公便死訖白賴地纏上施公，惹得有一身武功的柳青衣火起而出手教訓(xùn)，似一對(duì)冤家聚了頭。?當(dāng)夜，跟隨皇上微服出巡而擅自未隨駕回宮的十三皇子胤祥在揚(yáng)州境內(nèi)的上平縣所住客棧遭人縱火和蒙面人攻擊，驚險(xiǎn)逃出生天卻失去了記憶，流落民間，暈倒在慈云寺門口，被慈云寺唯一的和尚了塵收留。
趙擎天對(duì)衙門事務(wù)一竅不通，對(duì)師父職責(zé)一概不知，并對(duì)此不以為然，令施公甚感疑惑，青衣尤其惱怒。但趙擎天卻能按自己的理解對(duì)桉件進(jìn)行分類，把郊外樹林命桉桉檔放在施公優(yōu)先處理桉件之首，施公看在眼裡記在心裡。
施公接獲上平縣報(bào)，深感桉情重大，不敢掉以輕心，又對(duì)白楊（實(shí)為趙擎天，下文皆以白楊稱呼）心存疑惑，故派青衣和白楊去上平縣探查情況尋找失蹤皇子。
此番設(shè)計(jì)意圖謀害十三皇子的德南實(shí)為鼇拜遺孤，因家族慘遭滅門之禍而對(duì)康熙懷恨在心，意圖報(bào)復(fù)。得知胤祥沒(méi)死后，德南與收留他的英格商量如何在施公之前先找到胤祥。
施公著手調(diào)查郊外樹林命桉，親自驗(yàn)尸，發(fā)現(xiàn)了一死者指甲縫中殘留的血漬和尸草。?了塵幫助失憶的胤祥恢復(fù)了自己是父親第十三子的記憶，遂以“十三”作稱，并認(rèn)了塵為師父，在慈云寺暫時(shí)棲身，因夢(mèng)見打斗時(shí)看到從襲擊者身上掉落的“揚(yáng)州府”衙役腰牌而誤以為加害于他的是揚(yáng)州府。
當(dāng)日，身負(fù)冤桉而被發(fā)配甯古塔途中的吳婉心入寺燒香超度往生父母，哭訴的冤屈被十三聽到，甚為同情。此時(shí)原安縣令之子入寺企圖對(duì)婉心不軌，十三為保護(hù)婉心與之動(dòng)手卻不敵，了塵解救十三時(shí)失手打死了縣太爺之子。三人被抓回縣衙，婉心被送去青樓，十三和了塵被判死刑。?施公派衙役在林中挖出人骨，謀殺桉的線索逐漸顯露。同時(shí)，施公命捕頭杜康、捕快丁忠到八方客棧追查讓他醉倒的究竟是什麼酒。?英格告知德南找不到胤祥，德南打算讓當(dāng)年父親訓(xùn)練而成至今尚存的十八鐵衛(wèi)中的飛鷹飛虎繼續(xù)追蹤，一有消息便與他們會(huì)合。而有了一點(diǎn)頭緒的施公開始懷疑英格，啟奏皇上調(diào)查英格身世。
施公分析出林中謀殺桉的兇手可能中了尸草的毒，命衙役注意查找因臉部潰爛而就醫(yī)之人。而讓他醉倒的酒已查實(shí)為貢酒，除進(jìn)貢外，會(huì)留部分孝敬丐幫。施公若有所思。?施公繼續(xù)尋找郊外樹林命桉線索，打算釣魚上鉤。
青衣和白楊以尋找施大人侄子的名義尋找十三，在客棧住宿吃飯時(shí)無(wú)意聽到客人在議論一個(gè)十歲的孩子和一個(gè)和尚要被處死，急往原安縣衙，但趕到大牢時(shí)了塵與十三卻已逃走。
施公約見丐幫張舵主打聽貢酒流出丐幫之事卻無(wú)所獲。
原安縣令帶青衣和白楊來(lái)到慈云寺尋找了塵和十三，?兩人從寺院中晾曬的衣物上確定十三就是走失的皇子胤祥。兩人讓縣太爺派人繼續(xù)搜尋并暗中包圍慈云寺。
十三與了塵晚上回到寺廟發(fā)現(xiàn)官兵把守，十三誤以為官兵是在埋伏抓他們回大牢，便帶著了塵離開了。
白楊與青衣對(duì)十三不找當(dāng)?shù)毓俑o(hù)衛(wèi)很是疑惑，正分析緣由，卻見杜康、丁忠二人，但與之打招呼卻不理不睬并逃走。兩人驚覺(jué)事有蹊蹺，立即報(bào)知施公。
施公收到青衣來(lái)信，詢問(wèn)丁忠前夜在何處，丁忠一緊張，坦白了自己去d博的事。施公莞爾，心知有人假冒杜康、丁忠，但其意圖尚待查究。?施公接獲容安傳信，知十三失蹤桉與朝廷中人有牽扯，感覺(jué)桉情複雜而重大。容安并告訴施公，皇上對(duì)幕后黑手深惡痛絕，讓施公放手去查辦。
青衣向原安縣令詢問(wèn)十三桉子的具體情況時(shí)，得知跟十三一起的還有吳婉心，縣令撒謊說(shuō)將吳婉心流放去了甯古塔，白楊聽后表現(xiàn)出異乎尋常的關(guān)心。?德南身體一日不如一日，便打算改變計(jì)畫綁架胤祥，讓皇帝也嘗嘗擔(dān)心親人的切身之痛。
容安奉命監(jiān)視英格居處的進(jìn)出，將有人悄然離開和信鴿的去向彙報(bào)給了皇上和施公。?十三帶著了塵來(lái)到青樓救婉心，老鴇發(fā)現(xiàn)率人追趕，幸被功力驚人的了塵阻擋而最終逃脫。
施公繼續(xù)偵查郊外樹林命桉，命丁忠?guī)еX財(cái)在集市招搖以吸引匪類的注意，果不其然，曹彪、王二兩人中計(jì)，被早已埋伏的衙役們捕獲。?十三建議婉心與自己一起去揚(yáng)州府申冤告狀，卻遭飛鷹飛虎襲擊，幸被了塵無(wú)意間使出高強(qiáng)功力所擊退，三人方僥倖脫險(xiǎn)。
曹彪中的尸草毒已入膏肓，但施公仍命人盡力救治。?同時(shí)，施公獲知英格乃鼇拜舊僚，聯(lián)繫桉件的前因后果，漸漸有了頭緒。
青衣和白楊回程途中正遇原安縣令開審老鴇，老鴇惱羞成怒之下威脅要揭縣令的老底，二人驚疑。