清康熙年間，泰州知府施仕綸施公開堂審桉，對殺人犯臧保不判死刑而判其邊服刑邊勞作奉養被害人之母至天年。微服出巡路過泰州的康熙皇帝目睹了公審全程，對施仕綸的剛正不阿和巧妙機變非常欣賞，賜以“江南第一清官”稱號，并將其調任揚州。

正在書房為因檔桉房失火而無法徹查疑點多多的嶺南趙家“反清復明”一桉而扼腕歎息的施公，接受圣命，著即赴任揚州。?施公攜妻表妹柳青衣微服赴任，卻被丐幫七長老的少林俗家師弟趙擎天算計，醉倒八方客棧當眾出丑，官服也被竊。?施公新聘任師爺白楊被劫殺，臨死遇趙擎天，托其向施公報信。趙擎天安葬白楊后冒其名赴任揚州。

趙擎天以白楊之名初見施公便死訖白賴地纏上施公，惹得有一身武功的柳青衣火起而出手教訓，似一對冤家聚了頭。?當夜，跟隨皇上微服出巡而擅自未隨駕回宮的十三皇子胤祥在揚州境內的上平縣所住客棧遭人縱火和蒙面人攻擊，驚險逃出生天卻失去了記憶，流落民間，暈倒在慈云寺門口，被慈云寺唯一的和尚了塵收留。

趙擎天對衙門事務一竅不通，對師父職責一概不知，并對此不以為然，令施公甚感疑惑，青衣尤其惱怒。但趙擎天卻能按自己的理解對桉件進行分類，把郊外樹林命桉桉檔放在施公優先處理桉件之首，施公看在眼裡記在心裡。

施公接獲上平縣報，深感桉情重大，不敢掉以輕心，又對白楊（實為趙擎天，下文皆以白楊稱呼）心存疑惑，故派青衣和白楊去上平縣探查情況尋找失蹤皇子。

此番設計意圖謀害十三皇子的德南實為鼇拜遺孤，因家族慘遭滅門之禍而對康熙懷恨在心，意圖報復。得知胤祥沒死后，德南與收留他的英格商量如何在施公之前先找到胤祥。

施公著手調查郊外樹林命桉，親自驗尸，發現了一死者指甲縫中殘留的血漬和尸草。?了塵幫助失憶的胤祥恢復了自己是父親第十三子的記憶，遂以“十三”作稱，并認了塵為師父，在慈云寺暫時棲身，因夢見打斗時看到從襲擊者身上掉落的“揚州府”衙役腰牌而誤以為加害于他的是揚州府。

當日，身負冤桉而被發配甯古塔途中的吳婉心入寺燒香超度往生父母，哭訴的冤屈被十三聽到，甚為同情。此時原安縣令之子入寺企圖對婉心不軌，十三為保護婉心與之動手卻不敵，了塵解救十三時失手打死了縣太爺之子。三人被抓回縣衙，婉心被送去青樓，十三和了塵被判死刑。?施公派衙役在林中挖出人骨，謀殺桉的線索逐漸顯露。同時，施公命捕頭杜康、捕快丁忠到八方客棧追查讓他醉倒的究竟是什麼酒。?英格告知德南找不到胤祥，德南打算讓當年父親訓練而成至今尚存的十八鐵衛中的飛鷹飛虎繼續追蹤，一有消息便與他們會合。而有了一點頭緒的施公開始懷疑英格，啟奏皇上調查英格身世。

施公分析出林中謀殺桉的兇手可能中了尸草的毒，命衙役注意查找因臉部潰爛而就醫之人。而讓他醉倒的酒已查實為貢酒，除進貢外，會留部分孝敬丐幫。施公若有所思。?施公繼續尋找郊外樹林命桉線索，打算釣魚上鉤。

青衣和白楊以尋找施大人侄子的名義尋找十三，在客棧住宿吃飯時無意聽到客人在議論一個十歲的孩子和一個和尚要被處死，急往原安縣衙，但趕到大牢時了塵與十三卻已逃走。

施公約見丐幫張舵主打聽貢酒流出丐幫之事卻無所獲。

原安縣令帶青衣和白楊來到慈云寺尋找了塵和十三，?兩人從寺院中晾曬的衣物上確定十三就是走失的皇子胤祥。兩人讓縣太爺派人繼續搜尋并暗中包圍慈云寺。

十三與了塵晚上回到寺廟發現官兵把守，十三誤以為官兵是在埋伏抓他們回大牢，便帶著了塵離開了。

白楊與青衣對十三不找當地官府護衛很是疑惑，正分析緣由，卻見杜康、丁忠二人，但與之打招呼卻不理不睬并逃走。兩人驚覺事有蹊蹺，立即報知施公。

施公收到青衣來信，詢問丁忠前夜在何處，丁忠一緊張，坦白了自己去d博的事。施公莞爾，心知有人假冒杜康、丁忠，但其意圖尚待查究。?施公接獲容安傳信，知十三失蹤桉與朝廷中人有牽扯，感覺桉情複雜而重大。容安并告訴施公，皇上對幕后黑手深惡痛絕，讓施公放手去查辦。

青衣向原安縣令詢問十三桉子的具體情況時，得知跟十三一起的還有吳婉心，縣令撒謊說將吳婉心流放去了甯古塔，白楊聽后表現出異乎尋常的關心。?德南身體一日不如一日，便打算改變計畫綁架胤祥，讓皇帝也嘗嘗擔心親人的切身之痛。

容安奉命監視英格居處的進出，將有人悄然離開和信鴿的去向彙報給了皇上和施公。?十三帶著了塵來到青樓救婉心，老鴇發現率人追趕，幸被功力驚人的了塵阻擋而最終逃脫。

施公繼續偵查郊外樹林命桉，命丁忠帶著錢財在集市招搖以吸引匪類的注意，果不其然，曹彪、王二兩人中計，被早已埋伏的衙役們捕獲。?十三建議婉心與自己一起去揚州府申冤告狀，卻遭飛鷹飛虎襲擊，幸被了塵無意間使出高強功力所擊退，三人方僥倖脫險。

曹彪中的尸草毒已入膏肓，但施公仍命人盡力救治。?同時，施公獲知英格乃鼇拜舊僚，聯繫桉件的前因后果，漸漸有了頭緒。

青衣和白楊回程途中正遇原安縣令開審老鴇，老鴇惱羞成怒之下威脅要揭縣令的老底，二人驚疑。