在Abu?Fayed發動恐怖襲擊的四年后，CTU被政府解散了。Jack?Bauer在參議員Mayer所主審的參議聽證會上被稱使用了酷刑等非法手段來防止恐怖襲擊。FBI在首席安全工程師Michele?Latham被綁架后知道他們要入侵國家基礎設施計算機。因為Jack曾與本次行動的策劃者之一的Tony?Almeida共事過，被傳喚并要求他參與幫助這次的調查。而Latham被迫要給恐怖分子修理CIP裝置。Jack和Renee審問一個和Tony有關的中間商時，那人被狙擊手殺害了。

為了表明修補好的CIP裝置可以進入國家電腦系統，Tony對航空中心實行了控制。總統Taylor和首相Matobo對派兵援助Sangala而進行磋商，第一先生Henry尋找與他兒子死因有關的線索。其間，一個FBI中的內奸幫助那名狙擊狙擊手逃脫了追捕。Jack和Walker探員跟蹤著那個狙擊手到快艇上，在那里逮捕了Tony。然而，CIP裝置在此前被轉到了Emerson一幫人的手中。

當Tony被FBI審問時，他暗中給Jack一個聯系Bill?Buchanan的電話。Bill?Buchanan后證明Tony是臥底。他們和Chloe一起試圖阻止一場涉及CIP裝置在內的政府陰謀。Henry和他兒子的前女友Samatha見面。Colonel?Dubaku拿到了CIP裝置，威脅美國政府從Sangala撤軍。為了讓Tony繼續做臥底,Jack在Chloe和Bill幫助下解除了Renee的武裝，讓Tony從FBI的手中逃跑。