S級英雄們突然接到緊急召喚。埼玉與杰諾斯剛好前去拜托銀牙的道館，也跟銀牙一同前去。來到位于A市的英雄協會總部，各個杰出的S級英雄都已經集結于會議室?。而在他們面前，英雄協會的干部開口了，說預言百分之百會命中的先知席芭芭瓦，在預言半年以內“地球有難了”之后，就過世了。正當會議室里的氣氛緊張的時候，總部的大樓發出巨大聲響并劇烈震動，四周被黑暗所包圍。不久，切換到緊急電源之后，在會議室等待著他們的是，剛剛那一瞬間A市已近乎完全毀滅的這個事實。

戰斗員梅爾薩加德，從飛到A市上空的巨大太空船當中，降落到地面，并一腳踢開了A級英雄居全鐵。原子武士、金屬球棒、銀牙，與水嫩嫩囚犯等S級英雄前去應戰，但梅爾薩加德的肉體，受到攻擊也會立刻再長出來，無法對他造成致命的傷害，他們陷入了苦戰。另一方面，埼玉一個人進入大太空船內部，橫掃敵軍破壞船艦內部，同時朝著中樞部位走過去。敵方干部格流剛許普，對埼玉的暴行感到憤怒，他為了扭轉這個局面，決定再次轟炸地面。城市瞬間被毀，這種惡夢般的慘劇再度威脅著A市。

戰栗的龍卷藉著強大的超能力，將敵人的轟炸全都反彈回去。激戰之后，原子武士等人發現強敵梅爾薩加德的弱點，地面上的情況漸漸地開著收尾。然而，當全世界屏氣凝神抬頭往上看著太空船時，在太空船內部，埼主正在跟黑暗盜賊團“黑暗物質”的頭目波羅斯對峙。太過強大的波羅斯，為了尋求能與他勢均力敵的對手，千里迢迢地來到地球。對面這個可以稱得上是宿命對手的敵人，埼玉這次可以認真以待了嗎？事關人類存亡的一場鏖戰，終于燃起了戰火。