武藤泰山翔父子驚聞“靈魂互換”的事已經(jīng)被藏本志郎及翔的同學(xué)繪理香知曉，而且，繪理香竟然是藏本的女兒。經(jīng)過(guò)防衛(wèi)省技術(shù)研究本部的腦電波檢查，與泰山父子被植入的芯片一樣的芯片也裝在了藏本等人的身上。
作為長(zhǎng)年的政敵，雖然泰山和藏本互相仇視，但為了找出“靈魂互換事件”始作俑者，二人約好暫時(shí)休戰(zhàn)，攜手應(yīng)對(duì)危機(jī)。與勁頭十足的父親們相比，兒女們則愁眉不展。
雪上加霜的是，這時(shí)南真衣忽然提出辭職，翔(外表是泰山)立刻跌入痛苦的深淵。原來(lái)，真衣與人合營(yíng)的職業(yè)介紹所幫助過(guò)的一位單親媽被突然解雇，帶著三歲的兒子的她走投無(wú)路。
她辭去總理實(shí)習(xí)秘書(shū)乃是為了全力解決那位單親媽媽的事。聽(tīng)說(shuō)此事后，翔提出讓泰山(外表是翔)跟著真衣一起去，也許能幫上忙。泰山(外表是翔)和真衣一起造訪解雇那位女子的公司。
聽(tīng)了社長(zhǎng)桐月一郎的辯解后，泰山感到這件事十分可疑，于是提議另外給單親媽媽介紹一份工作，不料。這個(gè)輕率的提案大大惹火了真衣，真衣一怒之下要與翔絕交。
泰山認(rèn)為，每次孩子有個(gè)頭疼腦熱單親媽媽都得請(qǐng)假，公司根本承受不了，只能解雇了事，經(jīng)營(yíng)事業(yè)從來(lái)都是這樣。聽(tīng)了他的話，翔也是怒從心頭起，他憤然地說(shuō)：“如果連單親媽媽的苦處也不明白，所謂總理就是個(gè)笑話。”
了解了翔的想法的泰山聯(lián)絡(luò)新田理，命令他調(diào)查桐月的底細(xì)。這時(shí)，網(wǎng)上流傳出了官房長(zhǎng)官狩屋孝司的緋聞。與此同時(shí)，憲民黨的議員也鬧出丑聞，泰山和藏本為了平息風(fēng)波一起四處奔忙。
從CIA盜取腦波替換技術(shù)的人落網(wǎng)，但那人也是被收買(mǎi)的。根據(jù)有關(guān)部門(mén)掌握的情報(bào)顯示，在武藤泰山和武藤翔體內(nèi)植入芯片的丸山牙科院長(zhǎng)曾和某人接觸過(guò)。那個(gè)人就是名為“藍(lán)花檻”的免費(fèi)學(xué)校的理事長(zhǎng)黑川正吉。
聽(tīng)說(shuō)過(guò)去南真衣曾邀請(qǐng)翔加入“藍(lán)花檻”的志愿者后，泰山以翔的名義與真衣聯(lián)絡(luò)，讓她準(zhǔn)備武藤總理視察免費(fèi)學(xué)校的事宜。
在“藍(lán)花檻”免費(fèi)午餐會(huì)當(dāng)天，泰山有意實(shí)施監(jiān)禁并審問(wèn)黑川的野蠻計(jì)劃。但是，根據(jù)新田理的調(diào)查，黑川和丸山田從小就是朋友，他和腦波互換事件并無(wú)關(guān)系。而且，“藍(lán)花檻”因?yàn)橘Y金困難不久后即將關(guān)閉。
為了在“藍(lán)花檻”看到的孩子們，翔覺(jué)得無(wú)論如何也得讓它經(jīng)營(yíng)下去，去找泰山和茂平商量。但是，他們告訴翔，國(guó)家財(cái)政困難，再加上援助不固定的免費(fèi)學(xué)校組織在現(xiàn)行法律上定位模糊，因此政府無(wú)能為力，翔對(duì)此完全不能接受。
當(dāng)被翔質(zhì)問(wèn)“如果連眼前有困難的人一點(diǎn)也幫不上，那算什么政治?”時(shí)，泰山等大人無(wú)言以對(duì)。另一方面，泰山代替翔到求職的第一志愿公司“agri?fraditional”接受面試。
在得知兒子想進(jìn)這家公司的動(dòng)機(jī)是“聽(tīng)說(shuō)這是一家守護(hù)日本古老優(yōu)秀的飲食文化傳統(tǒng)的公司”后，泰山為幫他達(dá)成心愿在面試中使出渾身解數(shù)。然而，聽(tīng)面試官說(shuō)出了與翔想像的一樣的公司現(xiàn)狀后，泰山又忍不住當(dāng)場(chǎng)教訓(xùn)起面試官來(lái)。
泰山和翔以各自的立場(chǎng)和方法，為了藍(lán)花檻的存續(xù)行動(dòng)起來(lái)。在拯救免費(fèi)學(xué)校的過(guò)程，泰山也重新體會(huì)到了自己當(dāng)年投身政界的初心。然而，就是在他們看不到的地方，一個(gè)撼動(dòng)世界的大陰謀正在悄然進(jìn)行中。
為募捐而舉行的向著國(guó)會(huì)議事堂呼喊夢(mèng)想的“黃帽子”活動(dòng)在青年學(xué)生中廣為流行，藍(lán)花檻的資金困難問(wèn)題也得以解決。看到武藤內(nèi)閣的支持率上升，泰山總算能暫時(shí)放心了。而且，隨著調(diào)查不斷深入，新田理離找出制造腦波互換事件的真兇越來(lái)越接近了，翔也為事件向著好的方向發(fā)展而開(kāi)心。
不久，網(wǎng)絡(luò)上突然出現(xiàn)了抹黑武藤內(nèi)閣的輿論，惡意評(píng)論和郵件層出不窮，顯然是被人操縱了。武藤內(nèi)閣的支持率直線下降，股價(jià)也隨之下跌，黨內(nèi)各位大佬極為不悅。
泰山和狩屋等人為了找到惡評(píng)的幕后主使而竭盡全力，既懷疑如今休戰(zhàn)結(jié)盟的政敵藏本志郎，又懷疑是內(nèi)部有人泄露情報(bào)，大家疑心生暗鬼，搞得人心惶惶。就在此時(shí)，泰山和翔的身體和腦波突然恢復(fù)正常，眾人欣喜若狂，新田理卻指出，這只是暫時(shí)現(xiàn)象，無(wú)法預(yù)測(cè)何時(shí)會(huì)再次被互換。為了找到惡意報(bào)道和泄露情報(bào)的犯人，泰山等人全力出擊。
他們把南真衣鎖定為重點(diǎn)懷疑對(duì)象，但翔堅(jiān)持認(rèn)為真衣不是犯人。在做好了以泰山的面目認(rèn)真替父親完成作為總理的職責(zé)的心理準(zhǔn)備后，翔決定與真衣聯(lián)系。泰山則將在電視直播中對(duì)全體國(guó)民發(fā)表演說(shuō)，澄清謠言。正當(dāng)翔向真衣說(shuō)出重要的話，泰山在電視演說(shuō)中向國(guó)民演講之時(shí)，二人的腦波再次互換。
因?yàn)橄璧氖B(tài)，電視直播草草收?qǐng)觥Ｅc此同時(shí)，泰山的怪異舉止把南真衣嚇得落荒而逃。通過(guò)追蹤器，真田理找到了操縱腦電波的基地。就在南真衣質(zhì)問(wèn)利用她抹黑總理的記者村井美雪時(shí)，二人遭到狙擊，泰山、翔、新田理等及時(shí)出現(xiàn)，但翔為了保護(hù)南真衣而中彈受傷。
新田理控制了操縱腦電波的技術(shù)人員，可以讓泰山和翔恢復(fù)正常，然而，翔生命垂危，如果此時(shí)換回身體泰山將有性命之憂。