在被折原殺害的敷村教授的電腦里，里有提示抗病毒劑所在的線索。藤丸與加納、南海一起，循著線索的提示好不容易來到了深山中的某個(gè)小屋。那個(gè)小屋是藤丸從前經(jīng)常與家人一起拜訪、充滿了回憶的地方，最近被敷村教授當(dāng)作了研究所……但是不知為何，藤丸一行人進(jìn)入小屋的事被恐怖分子們得知了，藤丸等人又一次陷入了危機(jī)中。

另一方面，在THIRD-i本部，由于叛徒與病毒感染著的出現(xiàn)而被問責(zé)的霧島交出了指揮權(quán)，信任指揮軍鐮田（齋藤步）的強(qiáng)硬作風(fēng)讓THIRD-i的成員們感到為難……

然后，在死囚房里做出詭異行為的謎樣男子神島紫門與恐怖集團(tuán)令人意外的關(guān)系終于明朗了。