賈員外的病情加重，仵作檢驗出依華的藥方并無不妥，故而林氏被關入大牢。依華因此心情沉重，云歸陪依華上山采藥散心，兩人來到依華經常采藥的小路，云歸詢問藥材的屬性，依華想起如果誤食一種叫美人面的藥材，就會產生跟賈員外一樣的癥狀。
兩人回到慈華醫館的時候，林氏的兄長襲擊了依華，云歸出手相救并制服了林氏的兄長。林氏兄長埋怨依華不僅沒有救回妹妹還害得她入獄，依華解釋了一番讓他配合自己查出真相。十分感謝依華的林氏兄長知無不言，但他確實從沒聽過龍虎丸這種偏方，為此依華想要入獄見一見林氏。依華欲找方程天幫忙被裴鶯鶯攔下，她讓依華不要跟方程天玩兒曖昧，依華坦蕩的表示方程天只是自己的朋友。了解事情緣由后，事事以方程天為先的裴鶯鶯表示自己可以幫依華進入大牢，而方程天身為捕頭不能做知法犯法的事情。
裴鶯鶯偷了裴秉明的令牌帶依華進入大牢，林氏有些埋怨依華，依華讓她冷靜下來回答自己的問題，林氏告訴依華，龍虎丸是住在高崖村的龍虎天師給她的。另一邊，發現令牌丟失的裴秉明萬分焦急，但守衛森嚴的縣衙一般人是無法輕易進入的，裴秉明想起裴鶯鶯反常的舉動便讓方程天去尋找她。方程天到裴鶯鶯房間讓她交出令牌，嘴硬的裴鶯鶯不肯承認還請方程天離開，方程裴覺得裴鶯鶯還在介意自己懷疑她的事情，裴鶯鶯矢口否認。裴秉明親自拿回令牌，情急之下打了裴鶯鶯一個耳光并罰他禁足一個月，沒來得及阻攔的方程天關心裴鶯鶯是不是被打疼了，裴鶯鶯別過臉拒絕了方程天的關心。
羅英年跟秦月凝把酒言歡時，羅英年問她為何幫林氏找依華幫忙，秦月凝表示自己曾受過林氏恩惠，如今的情形下，即便自己無計可施也不會對林氏的事坐視不理。羅英年告誡秦月凝不要插手林氏和依華的事情，就像浮游不可撼動大樹一樣，千萬不要自以為是。圓滑的秦月凝笑著說羅英年喝多了，羅英年拿起酒壺狂飲起來。羅英年派人清除祥云縣及周邊的美人面，事情結束后，羅英年打開屋內的暗格，里面裝著金銀和一個木盒。
云歸陪依華去高崖村的路上，依華被陷阱捕獲，云歸及時出手，他不僅救下了依華，還跟依華聯手抓住了設置陷阱的人。等人醒來后，依華和云歸拿著食物引誘他說出實情，這人抵擋不住雞腿的誘惑說出自己就是龍虎天師，這讓依華和云歸大吃一驚。
據龍虎天師交代，陰士昭利用藥草美人面提煉出了能讓人上癮的銀珠粉和能壯陽的龍虎丸，銀珠粉的生意由羅英年接手，龍虎丸的生意則交給了龍虎天師。因為羅英年便鏟除了祥云縣附近全部的美人面，沒有美人面做藥引，龍虎丸也就沒辦法生產，所以龍虎天師才做起劫道的生意。
賈員外的大夫人叫囂著要判處林氏，裴鶯鶯說服裴秉明等依華和云歸的調查結果，公堂之上，趕回來的云歸和依華要再次給賈員外診治。依華云歸開始給賈員外重新配置藥方，裴鶯鶯守在門口幫兩人把關，吐出毒素的賈員外終于蘇醒并說出在吃龍虎丸之前曾服用羅英年開出的藥。狡猾的羅英年早早的將藥方交給了方程天并解釋這一切都是誤會，林氏被無罪釋放。依華和云歸感謝裴鶯鶯的幫助，裴秉明也因為裴鶯鶯的成長感到欣慰。
依華帶著云歸連夜離開，卻不想在半路遇見了要與他們同行的方程天和裴鶯鶯，方程天告訴云歸，自己是為了保護依華而來。依華奇怪裴鶯鶯為什么要跟來，裴鶯鶯表示真愛一個人的時候，即便想了千萬次要放棄，但在看到那人的時候就什么都不重要了。
四人一入京城便被陰士昭的人盯上，陰士昭的人趁裴鶯鶯下樓取被的時機將依華綁走，找不到依華的裴鶯鶯將情況告知云歸和方程天，三人連夜開始尋找。陰士昭來見依華并告訴她，云歸就是葉士禮的獨子，而自己之所以沒有直接殺了她是因為她還有利用價值，依華擔心陰士昭用自己對付云歸，她趁小二來送餐的時候將特制的驅蚊粉灑在了小二的身上。毫無頭緒的三人在客棧樓下商議，云歸聞出小二身上驅蚊粉的味道，通過跟蹤小二，云歸找到了虛弱的依華。
方程天和裴鶯鶯扮成依華和云歸的樣子幫他們引開追兵，方程天問裴鶯鶯這么做是不是為了云歸，裴鶯鶯覺得他太不可理喻了。大戰一觸即發，雖然兩人異常勇猛卻抵不住敵眾我寡的形勢，眼看一支飛箭射向方程天，裴鶯鶯奮力一躍幫方程天擋了下來。裴鶯鶯受傷，兩人被關進大牢，方程天想幫裴鶯鶯請大夫卻被看守嘲笑不自量力。真的要失去裴鶯鶯的時候，方程天才明白自己的心意，他告訴裴鶯鶯要堅持下去，自己會把她娶回家，如果裴鶯鶯死了，自己則不會獨活，裴鶯鶯讓方程天好好的活下去。
依華和云歸逃出京城卻憂心如何救出方程天和裴鶯鶯，依華提出去告御狀揭穿陰士昭的陰謀，云歸擔心沒有美人面做證據無法告倒陰士昭，思考良久后，云歸要帶依華去見一個人。
經歷過種種事端，再加上依華的提醒，云歸恢復了葉向時的記憶，他帶著依華找到早已隱世的太師公，太師公曾教授過三個學生，一個是偷走半本藥王手札的依華父親，另一個是為人正派卻遭滅門的葉士禮，還有一個是被他逐出師門的陰士昭。
云歸想要太師公種植的美人面，裝瘋賣傻的太師公打了云歸一頓，依華心疼的上前查看，太師公表示自己吃了誰的喜酒便把美人面送給誰，無奈之下云歸跟依華舉行了婚禮，如愿吃上喜酒的太師公把美人面給了云歸，他偷偷告訴云歸，自己早看出云歸跟依華兩情相悅，所以才成人之美的。拿到美人面的依華跟云歸開始計劃第二天告御狀的事情，隨后兩人又浪漫的看起星星。
第二天云歸醒來后發現自己渾身無力，而桌子上是依華留下的字條，為了保護云歸，依華要一個人去找到寺廟進香的太后告御狀，太師公感嘆兩人的深情便幫云歸醫治。另一邊依華如愿見到太后，在官兵的威脅之下，膽大心細的依華將葉家滅門和陰士昭的計謀統統告訴給了太后，太后卻覺得云歸讓依華只身前來是沒擔當的表現。身體好轉的云歸趕到寺廟，為了考驗二人，太后讓兩人分別說出對方要活下去的原因，云歸表示醫者仁心的依華活著能救治更多的人，依華直言自己愛云歸，所以她要云歸活著。兩人的話打動了太后，得到了面見皇上的機會。
本就因利而聚的羅英年和陰士昭倒戈相向，陰士昭派人殺羅英年失手后，羅英年將陰士昭制作銀珠粉等罪證交給了秦月凝，秦月凝跟太師公一同來到朝堂之上。云歸講出自己當時受父親葉士禮的指派到祥云縣告知百姓美人面的毒性，卻不想中途突聞家中噩耗，同時又被陰士昭的人追殺，陰士昭試圖狡辯，卻在云歸和秦月凝的證據面前無法再掩飾。陰士昭的狼子野心讓皇上十分震怒，命人將陰士昭關入打牢，同時為了嘉獎葉家的忠烈，皇上命云歸入太醫院任職并給予云歸六品的官職，看著云歸回歸自己的真實身份，依華默默地離開。
得到醫治的裴鶯鶯保住了性命卻一直昏迷不醒，方程天在她床邊告白希望她早日醒來，冥冥之中受到感動的裴鶯鶯醒了過來，確認了方程天真心的裴鶯鶯親吻了方程天。
云歸終于明白依華為什么說兩人根本不是一路人，為了跟依華在一起，云歸決定回到慈華醫館。采藥回來的依華看見云歸既感動又心疼，兩人對視時眼中都喊著淚水。