馬云飛正在酒吧放浪形骸，正巧高寒親自下廚打電話(huà)讓他回去，馬云飛何堅(jiān)只好離開(kāi)酒吧。回家路上，兩人被哨卡攔截。詢(xún)問(wèn)才得知，重慶周邊縣城--萬(wàn)縣，正成為日軍細(xì)菌武器的投放區(qū)，萬(wàn)縣成為瘟疫疫區(qū)，萬(wàn)縣百姓淪落成為疫區(qū)災(zāi)民。
為了防止疫情蔓延，國(guó)軍只好沿途設(shè)哨卡，阻礙災(zāi)民進(jìn)入重慶。兩人目睹了災(zāi)民的慘狀，感觸頗深。回到住所，高寒在馬云飛身上發(fā)現(xiàn)一根長(zhǎng)發(fā)，正欲興師問(wèn)罪，這時(shí)老于拜訪(fǎng)五特，希望五特能幫助軍統(tǒng)抓捕一名叫橋本三多的日軍細(xì)菌專(zhuān)家。
此人正是萬(wàn)縣疫情的始作俑者！但是馬云飛對(duì)此事毫無(wú)興趣，打發(fā)老于離開(kāi)。老于向戴笠匯報(bào)，戴笠卻成竹在胸，認(rèn)為五特一定會(huì)接下任務(wù)。不出戴笠所料，歐陽(yáng)的一通電話(huà)說(shuō)服了馬云飛，五特決定接受任務(wù)--秘密抓捕橋本三多。橋本正在對(duì)馬路大進(jìn)行人體實(shí)驗(yàn)，由于馬路大反抗，失手將實(shí)驗(yàn)病毒注入橋本的助手石川的體內(nèi)，橋本不但不予救治，還將石川也當(dāng)成了實(shí)驗(yàn)新病毒的馬路大。橋本對(duì)新病毒的狂熱讓周?chē)娜瞬缓酢?/p>
天皇特使中村來(lái)給橋本頒發(fā)勛章和晉升令，橋本卻并不感激，反而埋怨司令部不給他足夠的經(jīng)費(fèi)和馬路大。正巧試驗(yàn)基地沒(méi)有足夠的馬路大，橋本不顧司令部的反對(duì)，讓基地長(zhǎng)官渡邊上街抓人補(bǔ)充馬路大，中村心里不滿(mǎn)卻也不好發(fā)作。
五特來(lái)到夏家梁，略施小計(jì)混過(guò)日偽的哨卡，卻正趕上渡邊圈街抓人，高寒為了解救一名女孩(二丫)不幸被日軍包圍。渡邊在人群中挑選合格的馬路大，李智博、高寒、二丫都被選中，眼看幾人要被帶走，馬云飛何堅(jiān)趕到與日軍交火，趁亂救出高寒和李智博。
五特與交通員見(jiàn)面，得知橋本喜歡去一家炙酒屋消遣，五特計(jì)劃在炙酒屋動(dòng)手抓捕他。對(duì)圈街時(shí)發(fā)生的神秘人槍?xiě)?zhàn)，中村推測(cè)極有可能是五號(hào)特工組已經(jīng)潛入夏家梁，想對(duì)基地以及橋本下手，命令渡邊對(duì)橋本嚴(yán)加看護(hù)。
橋本給二丫注射病毒后，打算去炙酒屋消遣，中村卻以橋本的安全收到威脅為由將橋本軟禁起來(lái)，不許他踏出基地半步，橋本大怒卻也無(wú)可奈何。橋本趁看守不備逃出基地，來(lái)到炙酒屋。沒(méi)想到他的消遣方式竟然是扮成藝伎的模樣，在炙酒屋中給客人端茶倒水！橋本裝扮成藝伎化名千代子小姐，正在招待客人，五特也按計(jì)劃行事來(lái)到炙酒屋，準(zhǔn)備抓捕橋本。五特在炙酒屋內(nèi)始終找不到橋本的身影，馬云飛向一名女招待打聽(tīng)，卻被告知如果想找到橋本先生就得先找到千代子小姐。
馬云飛不解其中的奧妙，來(lái)到千代子(橋本)的房間，在和千代子一番明爭(zhēng)暗斗后依然沒(méi)有得到橋本下落。何堅(jiān)在炙酒屋被一名男扮女裝的藝伎騷擾，正巧馬云飛回來(lái)，何堅(jiān)把自己的遭遇一說(shuō)，馬云飛才意識(shí)到千代子就是喬裝后的橋本！兩人急忙重新尋找千代子，可千代子卻已經(jīng)不見(jiàn)蹤影。
正在失望之際，兩人反被橋本及兩個(gè)手下抓獲！馬云飛何堅(jiān)身手敏捷，干掉橋本的手下，終于抓獲了橋本，正準(zhǔn)備帶橋本離開(kāi)，卻被趕來(lái)的中村堵在門(mén)口！馬云飛何堅(jiān)帶著橋本從后門(mén)出去，與在外接應(yīng)的李智博高寒一起開(kāi)車(chē)離開(kāi)，中村帶隊(duì)拼命追趕，一番激烈的追逐戰(zhàn)斗后，五特的汽車(chē)損壞，眾人只好棄車(chē)帶著橋本奔向樹(shù)林中。為了將橋本順利帶到老于設(shè)定的接應(yīng)地點(diǎn)，五特決定分兵兩路，何堅(jiān)高寒押著橋本趕往接應(yīng)地，馬云飛李智博斷后阻擊日軍追兵。狡猾的中村準(zhǔn)確的推測(cè)出接應(yīng)地的位置，帶大隊(duì)人馬朝接應(yīng)地?fù)淙ァ?/p>
何堅(jiān)高寒即將到達(dá)接應(yīng)地點(diǎn)，高寒擔(dān)心馬云飛李智博的安全，提議自己押著橋本去匯合地，讓何堅(jiān)回去幫忙。何堅(jiān)離開(kāi)，高寒獨(dú)自來(lái)到接應(yīng)地，迎接她的卻是一地的死尸和中村帶領(lǐng)的大隊(duì)鬼子！馬云飛等人意識(shí)到中了調(diào)虎離山的圈套，卻只能眼看著高寒被日軍帶走！
回到基地，中村狠狠的教訓(xùn)了橋本一頓，為此兩人大吵一架。中村制止了渡邊對(duì)高寒的嚴(yán)刑逼供。但是中村威脅要給高寒注射病毒，把她也變成馬路大！何堅(jiān)內(nèi)心自責(zé)，沖動(dòng)的要去營(yíng)救高寒，被馬云飛攔下來(lái)，最后還是李智博想到利用濾水車(chē)潛入基地。
馬云飛何堅(jiān)劫持了給基地送水的濾水車(chē)，冒充工作人員順利進(jìn)入基地。在基地內(nèi)部，馬云飛打探到關(guān)押高寒的囚室位置，兩人順利救出高寒。三人正準(zhǔn)備離開(kāi)，高寒卻提議利用這個(gè)機(jī)會(huì)，想辦法混入橋本的實(shí)驗(yàn)室，將橋本一起抓走。
馬云飛何堅(jiān)冒充實(shí)驗(yàn)室工作人員，押送高寒進(jìn)入實(shí)驗(yàn)室，三人順利騙過(guò)門(mén)口的守衛(wèi)，混入實(shí)驗(yàn)樓內(nèi)部，將毫無(wú)防備的橋本打昏。三人將昏迷的橋本放在運(yùn)尸車(chē)上，計(jì)劃把橋本偽裝成尸體帶出實(shí)驗(yàn)樓。由于看守沒(méi)有仔細(xì)的檢查，橋本被順利的運(yùn)出大樓。三人來(lái)到門(mén)口正準(zhǔn)備上車(chē)離開(kāi)，這時(shí)渡邊發(fā)現(xiàn)高寒失蹤，急忙報(bào)警，頓時(shí)基地內(nèi)警報(bào)大作，大門(mén)關(guān)閉。三人徹底暴露，而且退路被斷，只好與日軍激戰(zhàn)，眼看就要被敵人圍殲！