因揚子軒和患者家屬發生沖突的事，揚帆正生氣地訓斥揚子軒，就知道給他惹麻煩。那個患者家屬冷靜下來也恢復了理智，他也知道打陸晨曦不對，揚子軒打他也情有可原，雙方都不再追究對方的責任。
林歡和律師再次來到仁合醫院進行協商調解。根據專家組調查認定，根據艾滋病的傳播條件，以及對林皓死因的判定，林皓的死亡跟艾滋病患者毫無關系。仁合醫院是首個參加救援的三級甲等醫院，在接診量超過最大限度的情況下，耐藥菌株的發生是屬于正常現象，不能證明醫院有不規范的治療和護理行為。而之后的搶救仁合醫院也完全符合各項行規標準。根據調查結果顯示，仁合醫院在病人手術，術后護理，發生感染后的治療和搶救不存在醫療過失，林皓的死亡和仁合醫院沒有直接關系。仁合醫院也表示，雖然仁合沒有責任，但本著人道主義原則，仁合愿意拿出兩萬元的補償款。但林歡方對調查結果存在異議，他們要求三十萬元賠償金，并在市級以上報紙登報道歉。
就在雙方僵持不下時，林歡律師以揚子軒和患者家屬沖突的照片要挾揚帆。律師調查出揚子軒是揚帆的兒子，也是先鋒公司的實習生，而先鋒公司是仁合醫療器械的主要供應商，這種正常關系的背后可能有不正當交易。這張照片證明仁合醫院優先治療先鋒公司老總的父親，忽略其他病患，而當雙方發生矛盾時，院長的兒子、先鋒公司的實習生動手毆打其他病患，律師強硬表示會把這張照片發到網上，等到形成公眾輿論的時候，自然會有相關部門領導看到，進而注意到先鋒公司和仁合的特殊關系。這些話正戳到揚帆的痛處，思量過后決定讓步，同意付他們要求的三十萬賠償金，但登報道歉不行。因為在這件事情上醫院沒有任何過失，登報道歉對醫院的聲譽損失太大。但是林歡寧愿少要點賠償金也要求登報道歉，律師再次以照片傳上網相要挾，揚帆無可奈何，有些猶豫，最后同意考慮考慮。
林歡其實并不認同律師的做法，錢多錢少，林歡并不在乎，她只是想給她父親討個說法。律師抓著仁合醫院的把柄來要錢，這就是訛詐，這跟堵醫院門口拉橫幅的醫鬧沒什么區別，這跟她父親的死已經沒什么關系了。林歡堅持要走法律程序，但律師稱他們現在處于劣勢，最好的辦法就是和解，揚帆已經松口愿意賠償，但林歡還抓著道歉不放。林歡和律師兩人觀念不同，各自不滿。
莊恕和楚珺一起來檢查姜叔的情況，楚珺認出姜叔就是桃山區醫院的姜大夫，小時候還給楚珺看過病。檢查結束后，楚珺便和姜叔聊起了天，讓姜叔心情好了不少。
此時，莊恕接到了林歡的電話，林歡向莊恕說明了今天的情況，表示會向法院起訴。
掛了電話的莊恕，收拾好心情，拿著姜叔的片子來跟陸晨曦會診。姜叔這種情況的手術，陸晨曦連三成的把握都沒有，這讓她壓力很大。但他們也毫無辦法，只能通知病人家屬，說服他們進行手術。陸晨曦好奇為什么這次莊恕勸她冒險，而不是像柳靈那次勸她保護自己。莊恕解釋道，因為他比那個時候更了解陸晨曦了，他知道陸晨曦不會放棄。
莊恕和陸晨曦來到姜叔的病房，勸說姜叔和姜總進行手術。現在腫瘤隨時可能破潰，還有氣管瘺，雖然有風險，但現在是唯一的手術時機了。陸晨曦從未做過類似情況的手術，既沒有成功的經驗，也沒有失敗的教訓，這個手術的成功率或者是零，或者是百分之百。姜叔聽后百感交集，最后他決定手術。姜叔要求姜總去公證，稱是自己要求手術的，一切后果自己承擔，家屬不得跟主刀大夫和醫院去追究。他請陸晨曦不管手術是否成功，都把它詳細地記錄下來，以供嘉林醫大師生學習研究用。也算他一個工作了一輩子的大夫對攻克疑難重癥做的一點貢獻。姜叔虛弱地述說著，陸晨曦聽著又感動又傷感，早已濕了眼眶。姜叔是一個好大夫，陸晨曦敬佩他，她下決心會盡她自己最大的努力去完成這臺手術。姜叔的這種方式，讓陸晨曦覺得穿著這身白大衣也有屬于他們自己的幸福。
揚帆害怕照片放到網上被炒作得無法收拾，竟讓姜總的父親轉院。姜總情緒激動，他手術同意書都簽了，現在讓他轉院？揚帆言明利害，姜總有些不知所措，無力地癱坐在椅子上。姜總的父親確實動不了，說兩句話都喘，得馬上手術。姜總陷入了兩難……
莊恕帶常大林的兒子去看了陸晨曦最重要的病人——陸晨曦的媽媽，解釋了誤會。常大林的兒子知道真相后愧疚萬分，向陸晨曦反省自己，并鄭重道歉。
姜總猶豫再三，決定讓他父親轉院。看到姜總在辦出院手續，楚珺制止不住，便打電話通知陸晨曦。陸晨曦聽后快步跑向姜叔病房，攔住了正被推走的姜叔。陸晨曦擔心姜叔的病情，堅持不同意轉院。揚帆氣急敗壞，最后姜總提議去辦公室談。
來到辦公室，陸晨曦看到了那張照片不明覺厲，揚帆并沒有跟陸晨曦說真實的原因，解釋為院里為了維護聲譽，避免誤會，也為了保護陸晨曦，決定把姜叔送到北京做手術。陸晨曦聽完不以為然，如果有人造謠生事，就把當事人叫出來說明情況就能解決。其實陸晨曦知道揚帆和姜總在擔心什么，但她對這個并不感興趣。只是向姜總直言，如果現在長途轉移他父親，就會耽誤病情甚至死亡。他建議姜總放下先鋒公司老總的身份，單純從一個患者的家屬去考慮，為了他父親的生命，慎重決定。陸晨曦說完，便不再干涉姜總轉院的權利，轉身離開。聽完陸晨曦的話，姜總改變了主意。
陸晨曦叫來了莊恕，她從陳紹聰那里得知林歡來醫院調解的事，莊恕卻什么也沒告訴她。陸晨曦希望莊恕勸說林歡放棄訴訟，如果仁合對林歡進行了道歉賠償，就說明仁合有過錯，是應該負責任的，為了安撫輿論，息事寧人，把沒錯說成有錯，損失的是醫學科學的真實和實事求是地精神。在陸晨曦心里，會為仁合，為莊恕，為自己，為救治過林歡父親的醫護人員覺得委屈。陸晨曦已經離開去手術了，莊恕還是久久站在原地做著思想斗爭……
最終，莊恕決定去勸說林歡放棄訴訟。莊恕驅車去往林歡家里，林歡看到莊恕并不太歡迎。莊恕準備了林皓的相關病歷資料，把林皓入院以來所接受的所有治療過程又向林歡和她媽媽詳述了一遍……
而此時，陸晨曦正在專心致志地給姜叔進行手術。
詳述完治療過程，莊恕稱林皓去世后，他保存了林皓的穿刺標本報送北京疾控中心微生物組，他們推測出林皓感染的可能是從非典型性分支桿菌發展變異來的菌株，并已經在試驗動物上進行種植，菌培養結果都可以拿給律師看。但林歡依然對把她父親和艾滋病人放在同一個病房的事耿耿于懷，她不能接受她父親的死亡。
面對情緒激動的林歡，莊恕經過內心掙扎，說出了他母親三十年前的冤屈，但仍未說出林歡是他的妹妹。莊恕稱母親的冤屈他無能為力了三十年，他比林歡更恨仁合，但即使這件事有一天真相大白，也只能成為醫學進步的反思，因為三十年前利多卡因地致敏性并不為人所知，就跟這次耐藥菌株一樣，都是醫學發展必經的過程。而這個過程中，難免會有人付出一些代價。莊恕還在堅持研究林皓的菌株。林歡聽完早已淚流滿面，但仍不愿放棄，林歡甚至表示以后再也不想看到莊恕。但是林歡的媽媽知道莊恕是林歡的親哥哥，她在明白莊恕的心意后，決定勸林歡放棄訴訟。
在陸晨曦的高超技術和堅定的決心下，姜叔的手術漂亮地完成！
回到醫院的莊恕等著正在手術的陸晨曦回家，看到陸晨曦，莊恕一把抱住她，今天兩人都度過了難熬的一天。
次日，莊恕一大早便來看望晨曦媽媽，晨曦媽媽的情況越來越好了。莊恕不想再隱瞞，便把自己的往事都告訴了晨曦爸爸，晨曦爸爸聽了百感交集，并未怪罪莊恕。
陳紹聰給回到辦公室的莊恕送結婚請柬，婚禮是陸晨曦希望陳紹聰抓緊辦的，關于莊恕的調查結論院務會今天就會做出決定了，陸晨曦怕莊恕趕不上。
此時，莊恕又接到個不好的消息，曹廣義兩年前因病去世了，而且沒留下任何遺囑。剛有的一絲希望又破滅了……莊恕心力交瘁。
會議室內，莊恕的調查結果出來了，院方決定終止合同，提前解聘莊恕。同事多次求情也都被揚帆駁回，這次揚帆是決心讓莊恕離開了。
兩周后，陳紹聰和楊羽的婚禮現場。綠地素花，純潔美好，有陳紹聰和楊羽兩個搞怪的主角，現場一片歡聲笑語。
在陳紹聰和楊羽的婚禮上，因為感動，楚珺哭得停不下來，揚子軒借她肩膀一直在旁安慰。楊羽和陳紹聰修成正果了，陸晨曦與莊恕的未來卻還遙遙無期。莊恕媽媽的案子一直沒澄清，他們兩往前走不了。雖然陸晨曦父母不介意，但從官方結論上，莊恕母親是陸晨曦父親死亡的責任人，就算他們兩家人不相信這個事實，別人卻不會這么看，而且莊恕心里一直有這個負擔。
修敏齊也意外地現身陳紹聰和楊羽的婚禮，莊恕看到修敏齊心里總歸有些不舒服，但為了不掃大家的興，并未離開。修敏齊是特意來找莊恕幫忙的，但因他們倆的過節，修敏齊不好親自去找莊恕，便讓楊帆和傅博文代為轉達。
揚帆和傅博文得知事情原委，找來莊恕。修敏齊的女兒修彤患先天性心臟病很多年了，肺動脈高壓已經到了終末階段，現在心肺聯合移植是唯一可能的治療手段，本來這個手術應該是傅博文來做的，但是傅博文現在的情況是做不了這樣高難度的手術的。修敏齊也曾經想過到國外治療，但家里的條件負擔不起，所以修敏齊想請莊恕手術。莊恕曾做過類似的手術，是有成功經驗的。揚帆充滿期待地看著莊恕，很希望他能同意。但莊恕表示自己已被解聘，在明天下班之后莊恕的聘期也就結束了，提出要考慮考慮，便起身離開。
病房內，修敏齊的女兒修彤還在昏迷中。國內修敏齊能聯系到的大夫都沒有把握做好修彤的手術，修敏齊又沒那個經濟實力送出國手術。現在全美排前的心肺移植專家莊恕就在眼前，修敏齊卻不愿放下身段親自去找莊恕談。傅博文極力勸說修敏齊，只要修敏齊親自去找莊恕談，向莊恕坦白承認，即使莊恕聘期結束了，他也一定會留下完成修彤這個手術的。只要修彤心肺移植的供體有了，就能立即進行手術。就看修敏齊能不能用自己的名譽去換修彤的生命。這個一個公平的結果。但修敏齊依然執迷不悟，堅持稱自己的名譽沒有任何污點。傅博文聽后十分無奈。
傅博文讓陸晨曦勸莊恕幫修彤做手術，陸晨曦也知道修彤的病情等不了了，但修敏齊都不愿承認當年的事，陸晨曦也很難勸動莊恕。
第二天清晨，莊恕和陸晨曦正準備去上班。因為修敏齊的事，莊恕情緒狀態不是很好。陸晨曦擔心莊恕因為修彤的手術陷入兩難的境地，建議莊恕今天別去上班了，但莊恕還是決定去上班。
今天是莊恕在仁合醫院的最后一天，醫院里，莊恕依然在盡心盡力地完成自己的工作。
此時傅博文和揚帆應修敏齊之托再次來勸說莊恕，修彤心肺移植的供體到了，必須四十八小時之內手術。傅博文和揚帆都曾跟莊恕有過節，傅博文是因為莊恕母親的舊事，揚帆則是簽字解聘了莊恕，因此兩人過來請求莊恕都有些尷尬。傅博文勸說莊恕老一輩的恩怨慢慢化解，不要轉嫁到孩子身上，不要轉嫁到病人身上。揚帆稱大家都信任莊恕的技術。莊恕聽后諷刺道，當初請莊恕來行醫執教，是因為他們信任莊恕，后來被解聘，說明這種信任已經不在了，現在因為這樣一個身份特殊的病人，信任又突然回來了……這些理由都不足以說服莊恕。
就在揚帆和傅博文無能為力之時，修敏齊親自來到了莊恕的辦公室。但是修敏齊并沒有服軟承認當年的錯誤，而是以醫德、醫生的信念勸說莊恕行使一個醫生職責。莊恕依然對修敏齊抱有很強的敵意，聽到這些更是氣憤。修敏齊做出當年那種事，還有臉來拷問莊恕的醫德。面對莊恕的質問，修敏齊有些弱了下來，他以一個父親的身份請求莊恕主刀他女兒的手術。莊恕取出他母親的工作證，拿到修敏齊面前，現在這個房間里只有他們兩人，如果修敏齊向莊恕母親道歉，莊恕就同意主刀這臺手術。修敏齊看著莊恕母親的照片冷笑起來，他拒絕道歉！并強硬地表示，莊恕現在還是仁合醫院的醫生，這是莊恕理所應當接受的工作安排。莊恕則更加強硬地表示，從即刻起辭去仁合醫院所有職務，不再接受任何工作安排！最終兩人不歡而散。