故事開始于圓明園。深夜，一個宮女在一名太醫掩護下，偷襲了雍正的寢宮，使其雍正暴死，人頭丟了，下葬時用一顆金頭代替。 乾隆繼位，立即多方秘密追查刺殺雍正之人。幾番搜查之后，雍正時期文字獄的最大冤主呂留良家族的唯一活口呂四娘被認為正是割走雍正人頭之人。（呂四娘從文字獄案逃脫后被江湖上大名鼎鼎的獨臂神尼收為徒弟習武，長大后本事甚為了得。）乾隆嚴命“雍正無頭案”不得走漏半點風聲，并秘命內廷四大侍衛南下追捕呂四娘。其中領頭者為一等侍衛伊爾根。 呂四娘其時正和太醫曹太虛奔走在南方的某個小城里，行醫賣藝。雍正晚年崇尚金石之術時，曹太虛原是皇上身邊的方士之一。 乾隆對此案志在必得，又派特使快馬加鞭傳旨到南少林，要南少林派人暗中密查呂四娘和曹太虛下落，追回雍正的人頭。特使找到南少林的老主持玄通大師，將皇上御賜的龍牌交與他，憑龍牌行事，不得有誤。 此時南少林寺內正在熱火朝天準備一次三十六房主持的競選，這次競選意義非同一般：誰當上三十六房主持，就成為南少林武功第一，也就是半個中國武功第一。寺內上下都明白最有實力者非方世玉與云明二人莫屬。 特使提議誰最后成為勝出者，誰就可持龍牌抓人。但玄通明白按照比武規則，世玉和云明進入最終對決必有一死一傷，而且也延誤圣命。玄通斷然宣布，二人比試南拳七十二式點到為止，誰勝出誰就能憑著龍牌去執行朝廷交給的任務。云明自知武功稍遜世玉，本想在最后的比試中做手腳陷害世玉，以奪得主持之位。面臨突然的變動，他順水推舟，干脆在比試中敗在世玉手下。他更想趁此機會，在世玉追查呂四娘行蹤的途中殺死世玉，并栽贓給呂四娘。這樣他可穩當坐上三十六房主持之位。